针对您提出的“医疗机构擅自更换处方所列药品怎么处罚”的问题，我将结合相关法律法规，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，医疗机构在调配处方时，必须严格遵守《中华人民共和国药品管理法》的相关规定。根据该法第七十三条，依法经过资格认定的药师或者其他药学技术人员在调配处方时，应当进行核对，对处方所列药品不得擅自更改或者代用。这是保障患者用药安全、有效的重要法律条款。

如果医疗机构擅自更换了处方所列的药品，那么这种行为就构成了违法。对于这种违法行为，药品监督管理部门有权依法进行处罚。具体的处罚措施可能包括：

1. 警告：对于初次违规或者情节较轻的医疗机构，药品监督管理部门可能会先给予警告，要求其立即改正违法行为。

2. 罚款：如果医疗机构拒不改正或者情节严重，药品监督管理部门可能会对其处以罚款。罚款的数额会根据违法行为的严重程度、造成的后果以及医疗机构的规模等因素来综合确定。

3. 其他行政处罚：除了警告和罚款外，药品监督管理部门还可能根据具体情况，对医疗机构采取其他行政处罚措施，如责令停业整顿、吊销医疗机构制剂许可证等。

此外，如果医疗机构的违法行为给患者造成了损害，那么医疗机构还可能需要承担民事赔偿责任。同时，如果相关责任人员存在故意或者重大过失，还可能依法受到行政处分。

在实际操作中，药品监督管理部门会按照立案、调查、审查、告知、决定、送达和执行等程序来对医疗机构的违法行为进行处罚。这些程序确保了处罚的公正性和合法性。

综上所述，医疗机构擅自更换处方所列药品是一种违法行为，药品监督管理部门有权依法对其进行处罚。处罚措施可能包括警告、罚款以及其他行政处罚。因此，医疗机构必须严格遵守相关法律法规，确保患者用药的安全和有效。