医疗机构变换处方收费的违法行为，一般由卫生健康行政部门和市场监督管理部门依据各自职责进行处罚。具体分析如下：

1. 卫生健康行政部门的处罚权
   根据《医疗机构管理条例》第四十七条，医疗机构若存在“使用非卫生技术人员从事医疗卫生技术工作”“出具虚假证明文件”等违规行为，由县级以上人民政府卫生行政部门责令改正、给予警告，并可处以罚款；情节严重的，吊销执业许可证。
   若“变换处方收费”涉及篡改处方内容、虚构医疗服务项目或超范围收费等行为，可能被认定为“未按规定实施医疗质量管理”或“骗取医保基金”（如涉及医保报销），此时卫生健康行政部门可依据《医疗保障基金使用监督管理条例》第三十八条，责令退回骗取的基金，处骗取金额2-5倍罚款，并暂停医保服务资格。

2. 市场监督管理部门的处罚权
   若医疗机构通过变换处方收费实施“价格欺诈”（如虚构原价、虚假折扣）或“不按规定明码标价”，则违反《价格法》第十四条和《明码标价和禁止价格欺诈规定》。市场监督管理部门可依据《价格违法行为行政处罚规定》第七条，责令改正，没收违法所得，并处违法所得5倍以下罚款；无违法所得的，处5万-50万元罚款；情节严重的，责令停业整顿或吊销营业执照。
   若涉及垄断行为（如联合定价、固定转售价格），则可能触发《反垄断法》的处罚，由市场监管总局或省级市场监管部门查处。

实务建议：

• 医疗机构需严格区分“医疗行为”与“收费行为”的合规边界，例如：处方内容应与实际服务一致，收费项目需经物价部门备案并明码标价。
  
• 若患者发现医疗机构存在变换处方收费，可同时向当地卫生健康委（举报医疗行为违规）和市场监管局（举报价格违法）投诉，两部门将依职权联动查处。
  
• 涉及医保基金的，还需向医保局举报，可能触发刑事责任（《刑法》第二百六十六条诈骗罪）。
  

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