针对您提出的“原告起诉民间借贷最后以合伙结案怎么办”的问题，这实际上涉及到了法律关系的认定以及法院判决的依据。以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，法院在认定当事人之间的法律关系时，并不会仅仅依据合同的名称（如“合作协议”或“借贷合同”），而是会重点审查合同的具体条款以及双方的实际行为。这是根据《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民法典>合同编通则若干问题的解释》中的相关规定，即人民法院认定当事人之间的权利义务关系，应当根据合同约定的内容，而非仅仅拘泥于合同使用的名称。
在您所描述的情境中，如果原告原本以民间借贷为由起诉，但法院最终以合伙关系结案，这很可能是因为法院在审查合同条款和双方行为后，认为双方的实际法律关系更符合合伙的特征。例如，如果合同中约定了双方共享利益、共担风险，且原告也实际参与了合伙事务的管理或经营，那么法院可能会认定双方存在合伙关系。
然而，从您提供的参考案例中，我们可以看到另一种情况：即使合同名为“合作协议”，但如果一方仅提供资金、不参与经营管理、不承担经营风险，且约定了固定收益，那么法院可能会认定双方存在的是民间借贷关系，而非合伙关系。这是因为合伙关系的核心特征是共享利益、共担风险，而民间借贷则是一种资金融通的行为，一方交付资金由另一方使用，到期后归还本金并支付利息。
那么，如果原告起诉民间借贷但法院以合伙结案，原告应该怎么办呢？
审查法院判决：首先，原告需要仔细审查法院的判决，理解法院为何认定双方存在合伙关系，并评估这一认定是否合理。
考虑上诉：如果原告认为法院的认定有误，或者认为自己的权益受到了侵害，可以考虑在法定期限内提起上诉。在上诉过程中，原告需要提供充分的证据来支持自己的主张。
寻求法律帮助：如果原告对法律程序不熟悉，或者认为自己的法律知识不足以应对上诉过程，可以寻求专业的法律帮助，如聘请律师。
接受并执行判决：如果原告认为法院的判决是合理的，或者经过上诉后法院维持了原判，那么原告需要接受并执行判决。这包括按照判决的要求履行自己的义务，如支付款项等。
最后，我想强调的是，在签订任何合同时，双方都应该明确自己的权利和义务，以及合同的实际性质。避免因为合同名称或表述不清而导致法律纠纷。同时，在发生法律纠纷时，及时寻求专业的法律帮助也是非常重要的。