关于超市员工丢了烟如何赔偿的问题，这确实是一个需要细致考虑的情况。首先，我们要明确的是，无论员工是否有意丢失商品，赔偿的责任是需要承担的，但赔偿的方式和程度需要合理且合法。

赔偿原则：

1. 非故意行为：如果员工并非故意丢失烟，那么赔偿应当基于公平和合理的原则。超市不能要求员工承担全部损失，尤其是当损失并非完全由员工个人行为导致时。

2. 赔偿方式：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。这种赔偿通常是从劳动者本人的工资中扣除。但重要的是，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。这是为了保护员工的合法权益，避免过度扣罚导致员工生活困难。

3. 最低工资标准：如果扣除赔偿后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，那么超市应当按照最低工资标准支付员工工资。这是法律对员工基本生活保障的明确规定。

具体操作建议：

• 调查原因：首先，超市应当调查烟丢失的具体原因，包括是否有监控录像、是否有其他员工目击等，以确定责任归属。

• 沟通协商：在确定责任后，超市应与员工进行沟通，说明赔偿的依据和金额，并尽量达成双方都能接受的赔偿方案。

• 合法扣罚：如果员工同意赔偿，并且赔偿金额在其工资承受范围内（即不超过当月工资的20%），超市可以按照法律规定从员工工资中扣除相应金额。

• 记录备案：无论最终处理结果如何，超市都应当做好相关记录，包括丢失商品的详情、调查过程、沟通协商记录以及赔偿方案等，以备后续查阅和参考。

综上所述，超市员工丢了烟的赔偿问题应当遵循公平、合理和合法的原则进行处理。超市不能要求员工承担全部损失，而是应当根据实际情况和法律规定来确定赔偿方式和金额。同时，超市也应当加强内部管理，减少类似事件的发生。