公司有仲裁案件时，原则上是可以注销的，但必须满足特定条件并履行法定程序。以下是对这一问题的详细分析：

一、公司注销的法定程序

公司注销是一个复杂的法律过程，涉及多个步骤和法定要求。在有仲裁案件的情况下，公司注销需特别注意以下几点：

1. 清算程序：公司注销前必须进行清算，包括编制资产负债表和财产清单，通知和公告债权人，并清偿债务或提供相应担保。这是注销过程中的核心环节，也是确保债权人权益得到保障的重要步骤。

2. 处理仲裁案件：对于仲裁案件涉及的债务等问题，公司需在清算阶段妥善处理。若清算时隐瞒或虚报资产、债务等重要事项，债权人有权要求相关责任人承担赔偿责任。

3. 完成注销登记：在清算完毕并满足其他法定条件后，公司方可向工商行政管理部门申请注销登记。

二、仲裁案件对公司注销的影响

仲裁案件的处理结果可能会对公司的注销产生影响。具体来说：

1. 债务清偿：如果仲裁结果涉及公司需承担债务赔偿等责任，那么在未妥善解决这些问题前，注销可能会受阻。因为公司注销后，其法人资格将终止，无法再承担民事责任。因此，债权人可能会要求公司在注销前清偿债务或提供担保。

2. 清算主体责任：若公司注销后，发现存在应清算而未清算、清算违法等情形，相关责任人（如有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人）仍需对公司债务承担清偿责任。

三、法律建议

针对公司有仲裁案件时能否注销的问题，我给出以下建议：

1. 依法处理仲裁案件：公司应积极应对仲裁案件，争取达成和解或履行裁决结果。这有助于减少注销过程中的法律障碍和风险。

2. 妥善进行清算：在注销前，公司应严格按照法定程序进行清算，确保债权债务得到妥善处理。特别是对于仲裁案件涉及的债务问题，应给予特别关注。

3. 咨询专业律师：由于公司注销和仲裁案件都涉及复杂的法律问题，我建议公司在处理过程中咨询专业律师的意见。律师可以提供具体的法律指导和建议，帮助公司规避法律风险并顺利完成注销程序。

案例说明：假设某公司因合同纠纷被另一方提起仲裁，同时该公司因经营不善决定注销。在注销前，该公司必须按照法定程序进行清算，并妥善处理仲裁案件涉及的债务问题。如果该公司未能妥善处理这些问题，导致债权人利益受损，那么相关责任人可能需要承担清偿责任。

综上所述，公司有仲裁案件时是可以注销的，但必须满足特定条件并履行法定程序。如果你在此过程中遇到任何法律问题或需要进一步的法律指导，请随时向我咨询。