非法经营签订的协议是否有效，不能一概而论，需根据具体情况来判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、严重违法情形
当非法经营行为严重触犯法律强制性规定时，基于此行为签订的合同大概率会被判定无效。例如，某些经营活动被法律明确禁止，如未经许可经营法律、行政法规规定的专营、专卖物品或者其他限制买卖的物品，一旦涉及此类非法经营并签订合同，该合同的有效性就会受到严重质疑。因为这类行为违反了效力性强制性规定，直接损害了国家利益或社会公共利益，所以合同通常会被认定为无效。
二、一般违法情形
超越经营范围：如果只是存在超越经营范围这类一般的非法经营情况，并不一定会导致合同无效。依据相关司法解释，当事人超越经营范围订立合同，法院一般不会仅以此认定合同无效。这是因为超越经营范围并不直接损害国家利益或社会公共利益，只是违反了管理性强制性规定，而管理性强制规定主要是为实现行政管理目的，并非否定合同效力。
违反限制经营、特许经营规定：不过，如果非法经营行为违反了国家限制经营、特许经营以及法律、行政法规禁止经营的规定，合同很可能被认定为无效。因为这类规定往往涉及到国家对特定行业的监管和保护，违反这些规定可能会损害国家利益或社会公共利益。
三、合同无效的认定因素
合同目的：法院在判定因非法经营签订的合同是否有效时，会考虑合同目的。如果合同目的是正常的商业目的，且没有损害国家利益或社会公共利益，那么合同可能有效。但如果合同目的是为了进一步实施非法经营，或者损害了国家利益或社会公共利益，那么合同可能无效。
违法情节严重程度：法院还会看违法情节的严重程度。如果是轻微违法，且没有造成严重后果，那么合同可能有效。但如果严重扰乱市场秩序，或者造成更严重的后果，如损害消费者权益、破坏市场竞争环境等，那么合同效力可能会受到影响。
四、法律建议
审查合同内容：在签订合同时，务必仔细审查合同内容，确保合同不违反法律、行政法规的强制性规定。特别是涉及专营、专卖物品或其他限制买卖的物品时，要确保自己具备相应的经营资质。
咨询专业律师：如果您对合同效力存在疑虑，或者已经因非法经营签订了合同并产生了争议，建议及时咨询专业律师。律师可以根据您的具体情况，结合相关法律规定，为您提供准确的法律意见和解决方案。
举例说明：假设小张经营一家公司，但未取得相关经营许可就从事了某项被法律禁止的经营活动，并与小李签订了一份合同。后来小李发现小张非法经营，认为合同应无效。在这种情况下，如果小张的非法经营行为严重违反了法律强制性规定，那么该合同通常会被认定无效。但如果小张只是超越了经营范围，且没有违反国家限制经营、特许经营以及法律、行政法规禁止经营的规定，那么合同可能有效。
总之，非法经营签订的协议是否有效，需结合具体案件事实和相关法律规定进行综合判定。如果您有相关法律问题，可以直接向我咨询。