针对您提出的“工厂搬迁跨市区怎么赔偿”的问题，以下是我为您整理的详细解答：
一、赔偿的前提条件与法律依据
当工厂因跨市搬迁导致原劳动合同无法继续履行时，若员工选择不随厂搬迁，工厂需依法向员工支付经济补偿金。这一处理主要遵循《劳动合同法》的相关规定，特别是当劳动合同订立时的客观情况发生重大变化，且双方未能就变更劳动合同内容达成一致时。
二、经济补偿金的计算标准
基本标准：
- 经济补偿金按劳动者在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
月工资定义：
- 这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资，包括奖金、津贴、补贴等全口径收入。
特殊限制：
- 如果劳动者的月工资高于所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且最高不超过十二年。
三、其他可能的赔偿与注意事项
未提前通知的代通知金：
- 若工厂未提前三十日以书面形式通知劳动者解除劳动合同，还需额外支付一个月工资作为代通知金。
直接经济损失赔偿：
- 如因搬迁导致员工产生其他直接经济损失（如重新租赁住房费用、搬家费用等），员工可收集证据要求工厂合理赔偿。
特殊群体补偿：
- 对于工伤职工，工厂可能需额外支付一次性工伤医疗补助金。
- 对于三期女职工（孕期、产期、哺乳期），补偿金可能上浮10%-20%。
四、赔偿流程与法律途径
协商：
- 员工可与工厂管理层就赔偿事宜进行协商，争取达成双方都能接受的赔偿方案。
申请劳动仲裁：
- 若协商不成，员工可向劳动合同履行地或用人单位所在地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，提交相关证据材料（如工资条、劳动合同、搬迁公告等）。
提起诉讼：
- 对仲裁结果不满意时，员工可在规定时间内向人民法院提起诉讼，由法院根据证据和法律规定进行审理并判决。
五、维权建议
- 保留证据：员工应妥善保留与工作及赔偿相关的各类证据，以维护自身合法权益。
- 及时行动：在收到搬迁通知后，员工应及时与工厂协商，并在规定时间内申请劳动仲裁或提起诉讼，避免错过维权时机。
- 了解法律：员工应了解《劳动合同法》等相关法律法规，以便在维权过程中做到有理有据。
综上所述，工厂跨市搬迁时，对于拒绝随迁的员工，工厂需按照《劳动合同法》的相关规定支付经济补偿金及其他可能产生的赔偿费用。员工应通过协商、仲裁或诉讼等法律途径解决争议，并妥善保留相关证据以维护自身权益。