如公司存在违法行为，你应首先确认违法行为的性质，并采取相应的法律措施保护自己。针对你的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 确认公司违法行为的性质

1. 查证公司是否具备办理施工员证的资质：根据相关规定，只有具备相应资质的单位才能办理施工员证。如果公司本身不具备这种资质，那么其行为就构成违法。
2. 核查施工员证的真实性：如果公司声称已经帮你办理了施工员证，你需要核查该证件的真实性。可以通过官方渠道查询证件的编号、有效期等信息，以确认其是否合法有效。

二. 采取法律措施保护自己

1. 向相关部门举报：如果你发现公司存在违法行为，可以向当地的建设行政主管部门或市场监管部门举报。这些部门将会对公司进行调查，并根据调查结果采取相应的法律措施。
2. 寻求法律援助：如果你因公司的违法行为受到了损失，可以寻求法律援助来维护自己的权益。你可以咨询专业律师，了解自己的法律途径和权益，以便采取合适的法律行动。
3. 解除合同并索赔：如果公司与你的合同中明确约定了办理施工员证的相关事宜，但公司未能合法履行，你可以考虑解除合同并要求公司赔偿损失。根据《合同法》第九十四条，当事人一方迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的，当事人可以解除合同。同时，你可以根据合同中的违约条款或相关法律法规，要求公司承担相应的赔偿责任。

三. 预防未来的风险

1. 谨慎选择公司：在选择办理施工员证的公司时，应仔细审查其资质和信誉，确保选择的公司具备合法资质和良好的市场口碑。
2. 详细阅读合同：在签订相关合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于办理施工员证的具体约定和违约责任等关键内容，以确保自己的权益得到充分保障。

我建议，在发现公司存在违法行为后，你应保持冷静并收集相关证据，以便在采取法律措施时能够提供有力的支持。同时，你也可以考虑咨询当地的法律援助机构或专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。