施工单位无资质时，扣除管理费和规费是否合理，不能一概而论，需结合具体情况及司法实践中的不同观点来分析。以下从不同角度进行详细阐述：
一、从法律规定角度
合同效力与工程价款结算：
- 根据《民法典》第七百九十三条，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。这意味着，即使施工单位无资质导致合同无效，只要工程验收合格，仍有可能按照合同约定获得工程价款。
- 同时，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第十九条规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。这进一步强调了合同约定在工程价款结算中的重要性。
规费与管理费的性质：
- 规费是行政管理部门依照相关法律规定向企业等法人或其他组织主体收取的法定费用，如社会保险费等。个人作为实际施工人，因未取得建设工程施工资质，通常不是规费征缴对象。
- 管理费则是施工单位为组织施工生产经营活动所发生的管理费用。在合同有效的情况下，管理费通常作为工程价款的一部分进行结算。但在合同无效的情况下，管理费的结算则可能受到质疑。
二、从司法实践角度
不支持计取规费和管理费的观点：
- 最高院有观点认为，作为个人因未取得建设工程施工资质，故不应计取规费。同时，管理费作为合同无效后的间接损失，可能不被支持。这种观点实质在于强调资质的重要性，以及合同无效后对非法利益的剥夺。
按实际支出予以支持的观点：
- 也有观点认为，规费计取应当以实际施工人实际缴纳为前提。在实际施工人已经提供证据证明在承包施工案涉工程项目过程中实际缴纳社会保险费等的情况下，该部分费用应予支持。对于管理费，如果实际施工人能够证明其确实为组织施工生产经营活动发生了管理费用，并且这些费用是合理的、必要的，那么也可能得到一定程度的支持。
予以支持的观点：
- 还有观点认为，按《建筑安装工程费用项目组成》的规定，规费属于工程费用之一，是建设工程施工过程中依规必须缴纳的费用。无论施工人是否已经负担、以何种形式负担，都属于其应当负担的费用，属于建设工程价款的组成部分。因此，应予支持。对于管理费，同样可能被视为工程价款的一部分进行结算。
三、实际操作建议
审查合同约定：
- 在处理此类纠纷时，首先应审查合同中关于工程价款、规费和管理费的约定。如果合同中有明确约定，并且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，那么应按照合同约定进行结算。
收集证据：
- 实际施工人应收集相关证据，如实际缴纳社会保险费的凭证、管理费用的支出明细等，以证明其确实发生了这些费用，并且这些费用是合理的、必要的。
咨询专业律师：
- 由于此类纠纷涉及法律、法规的适用以及司法实践中的不同观点，因此建议实际施工人咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
在实际操作中，如果遇到施工单位无资质而扣除管理费和规费的情况，建议先通过协商解决；协商不成的，可以依法向人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应充分举证、质证，以维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。