结论前置：在分公司约定仲裁的情况下，可以将总公司作为仲裁对象，但具体能否将总公司列为仲裁被申请人，需根据分公司的法律地位、授权情况以及合同的具体约定来判断。

一、分公司法律地位与仲裁资格

分公司作为总公司的分支机构，虽然不具有独立的法人资格，但根据《中华人民共和国公司法》及相关法律规定，分公司可以依法设立并领取营业执照，从而具备一定的法律地位。在商事活动中，分公司可以以自己的名义签订合同、参与经济往来，并在一定范围内承担民事责任。因此，在仲裁程序中，分公司本身可以作为仲裁当事人。

二、将总公司作为仲裁对象的情形

1. 分公司无法独立承担责任时：

   • 由于分公司不具有独立的法人资格，其民事责任最终由总公司承担。在仲裁实践中，若裁决分公司承担责任而其财产不足以履行，总公司需承担补充清偿责任。因此，在发现分公司可能无法履行仲裁裁决时，可以申请追加总公司为共同被申请人，要求总公司承担连带责任。

2. 合同或协议中有明确约定时：

   • 如果在分公司与相对方签订的合同或协议中，明确约定了总公司作为共同责任方或担保方，那么在发生纠纷时，相对方可以直接将总公司列为仲裁被申请人。

3. 分公司受总公司委托签订合同时：

   • 即使分公司未取得营业执照，但若受总公司委托与劳动者或其他相对方订立合同，此类分公司在发生纠纷时同样可被列为仲裁当事人。若合同中明确体现了总公司的意愿或责任，那么总公司也可能成为仲裁对象。

三、实际操作建议

1. 审查合同与协议：

   • 在与分公司进行经济往来或签订劳动合同时，应仔细审查合同或协议中的条款，明确分公司的法律地位、授权范围以及总公司的责任承担情况。

2. 咨询法律专业人士：

   • 鉴于不同法律体系和地区规定可能存在差异，建议在具体操作前咨询当地法律专业人士，以确保仲裁申请的合法性和有效性。

3. 准备充分证据：

   • 在申请仲裁时，应准备充分的证据来支持自己的主张，包括合同、协议、付款凭证、沟通记录等。这些证据将有助于证明分公司与总公司之间的法律关系以及责任承担情况。

举例说明：假设您与一家分公司签订了劳动合同，并在合同中约定了仲裁条款。后来，由于分公司无法履行合同义务，您决定申请仲裁。在这种情况下，您不仅可以以分公司为仲裁被申请人，还可以根据合同的具体约定和分公司的法律地位，申请追加总公司为共同被申请人，要求总公司承担连带责任。

总结：在分公司约定仲裁的情况下，将总公司作为仲裁对象是合法的，但具体能否将总公司列为仲裁被申请人需根据分公司的法律地位、授权情况以及合同的具体约定来判断。在实际操作中，建议您仔细审查合同与协议、咨询法律专业人士并准备充分证据来支持自己的主张。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。