若合同上甲方盖的是分公司的公章，合同效力及责任承担需分情况讨论：
分公司行为在经营范围内且总公司认可或追认
- 分公司虽不具有独立法人资格，但依法设立并领取营业执照的分公司，在总公司授权范围内或其营业执照载明的经营范围内从事经营活动时，具有一定的民事权利能力和行为能力。
- 若分公司盖章行为在其经营范围内，且事后得到总公司的认可或追认，那么该合同对总公司具有约束力，合同效力不受影响。
分公司行为超出经营范围或总公司未追认
- 若分公司盖章行为超出了其经营范围，且总公司未予追认，那么合同的效力可能会存在瑕疵。
- 在此情况下，合同的效力及各方责任需根据具体情形判断。例如，若相对方（如乙方）有理由相信分公司有代理权（如表见代理情形），则合同可能仍对总公司有效；若相对方明知或应知分公司无代理权，则合同可能仅对分公司有效，总公司不承担责任。
为降低法律风险，建议采取以下措施：
- 审查分公司主体资格：在签订合同前，应仔细审查分公司的营业执照、授权文件等，确认其是否具备签订合同的主体资格。
- 明确授权范围：若分公司代表总公司签订合同，应要求总公司出具明确的授权文件，载明授权范围、期限等关键信息。
- 完善合同条款：在合同中明确约定各方权利义务、违约责任、争议解决方式等条款，以减少合同履行过程中的纠纷。
- 及时沟通确认：在合同签订过程中，若对分公司盖章行为存在疑虑，应及时与总公司沟通确认，确保合同效力不受影响。
若已发生因分公司盖章导致的合同纠纷，可采取以下法律手段：
- 协商解决：首先尝试与对方协商解决纠纷，达成和解协议。
- 诉讼或仲裁：若协商无果，可根据合同约定或法律规定，选择向法院提起诉讼或向仲裁机构申请仲裁，以维护自身合法权益。
在处理此类问题时，务必根据具体情况综合判断，并咨询专业律师以获取更准确的法律意见。若您有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会结合您的具体情况，给出专业的法律建议。