三方协议盖分公司的章是否可以，取决于具体情况。下面我将从不同角度为您详细分析：

1. 分公司具有签约资格的情况：

   • 如果分公司依法设立，并领取了营业执照，那么它在总公司的授权范围内有权以自己的名义对外签订合同，包括三方协议。此时，盖分公司的章是有效的。
   • 需要注意的是，即使分公司有权签约，也应确保其所签协议的内容在其经营范围内，并且符合总公司的授权。

2. 分公司不具有签约资格的情况：

   • 如果分公司未依法设立或未领取营业执照，那么它通常不具备对外签订合同的资格。在这种情况下，盖分公司的章将无效，所签协议也可能因此被认定为无效。
   • 另外，即使分公司原本具有签约资格，但如果其签订的协议超出了总公司的授权范围或违反了相关法律法规，那么该协议同样可能被视为无效。

3. 特殊情况的考虑：

   • 在某些特殊情况下，如分公司虽未直接获得签约授权，但总公司事后对分公司的签约行为进行了追认，那么该协议仍可能被视为有效。
   • 此外，如果三方协议中的其他方对分公司盖章的行为表示认可，并且协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议也有可能被认定为有效。

综上所述，三方协议盖分公司的章是否可以，需要根据分公司的设立情况、授权范围以及协议内容等多个因素来综合判断。如果您在具体操作中遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便我能根据您的具体情况提供更准确的法律建议。