结论：分公司合同是否可以盖总公司的章，以及甲方应写分公司还是总公司，需根据具体情况判断，主要涉及分公司是否具有营业执照、总公司是否授权、合同相对方要求及总公司内部管理规定等因素。以下分情况详细说明：
一、分公司具有营业执照的情况
合同签署与履行主体一致：
- 若分公司依法登记并领取营业执照，具备以自身名义从事民事活动的资格，且合同由分公司以自己名义签订并主要由分公司履行，那么合同上可以加盖分公司的章，甲方也应写分公司。例如，分公司在其经营范围内独立与供应商签订的原材料采购合同，此时盖分公司的章并写分公司为甲方是合法有效的。
总公司特别授权：
- 即使分公司具有签约能力，但如果总公司对特定合同有特别授权要求，明确指示需加盖总公司章，那么分公司应遵循这一授权要求，合同上加盖总公司章，甲方则根据授权情况写总公司或分公司（若授权分公司作为合同主体但要求盖总公司章）。这体现了总公司对特定合同的特殊管理或风险控制需求。
二、分公司没有营业执照的情况
- 若分公司未办理营业执照，则不具备独立从事民事活动的资格。在此情况下，分公司不能以自己的名义对外签订合同，合同上应加盖总公司的章，甲方也应写总公司。合同的法律后果将直接由总公司承担。例如，某总公司设立的临时办事机构，在未取得营业执照的情况下，其对外签订的任何合同都必须加盖总公司的章并写总公司为甲方以确保合同的合法性。
三、其他特殊情况
合同明确要求：
- 如果合同相对方（即另一方当事人）明确要求合同必须加盖总公司的章，为了促成交易并确保合同的有效性，应当遵循这一要求加盖总公司章，甲方则根据合同相对方的要求写总公司。这体现了合同双方对合同形式要件的共同约定。
总公司管理规定：
- 总公司内部可能制定有统一的合同管理规定，要求所有对外签订的合同都必须加盖总公司章。这是总公司为加强合同风险管控而采取的措施。在这种情况下，即使分公司具有独立签约权，也需要按照总公司的规定执行，合同上加盖总公司章，甲方则根据总公司管理规定写总公司或分公司（若管理规定允许分公司作为合同主体但要求盖总公司章）。
四、法律后果与风险提示
- 主体一致性原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的书面形式包括合同书等可以有形表现所载内容的形式，盖章即代表对合同权利义务的确认和承担。因此，合同主体与盖章主体应保持一致，以避免法律关系上的混淆和履约风险。
- 无权代理风险：若分公司未经总公司授权擅自盖章，可能构成无权代理，增加合同的不确定性。一旦出现纠纷，权利主张可能面临主体认定和责任追究的困难。
- 诉讼风险：在合同纠纷中，主体与盖章不一致会增加法院审理难度，延长诉讼周期，增加当事人的诉讼成本和时间成本。
综合建议：在实际操作中，为避免潜在的法律风险和纠纷，建议在签订合同前仔细审查分公司的营业执照情况、总公司的授权情况、合同相对方的要求以及总公司内部的管理规定。根据具体情况选择合适的盖章方式和甲方名称，并确保合同内容合法、条款明确、权利义务清晰。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。