企业违法并非在所有情况下都要没收违法所得，这取决于具体的法律规定和案件情况。以下从不同角度为您详细分析：

一、法律依据与普遍原则

根据《行政处罚法》第二十八条第二款的规定：“当事人有违法所得，除依法应当退赔的外，应当予以没收。违法所得是指实施违法行为所取得的款项。法律、行政法规、部门规章对违法所得的计算另有规定的，从其规定。”这一条款明确了违法所得的认定和计算标准，并增设了责令退赔程序，完善了没收违法所得制度。然而，这并不意味着所有企业违法行为都要没收违法所得，而是需要根据具体情况进行判断。

二、违法所得的计算与认定

违法所得的计算和认定在不同领域和不同案件中可能存在差异。例如：

1. 全部收入认定：在食品药品监管领域，违法所得可能指实施违法行为所取得的相关营业性收入或全部经营收入。
2. 销售收入认定：在农业领域，违法所得可能指当事人违反相关法律法规，从事农药、农产品等相关生产、经营活动所取得的销售收入。
3. 扣除成本后认定：在产品质量监管领域，违法所得可能指获取的利润，即违法收入扣除合理成本后的部分。
4. 多付价款认定：在价格执法领域，违法所得可能指经营者违反《价格法》等法律规范，致使消费者或其他经营者多付的价款。

由于违法所得的计算和认定存在多样性，因此并非所有企业违法行为都会直接导致违法所得的没收。

三、没收违法所得的例外情况

1. 依法应当退赔的情况：根据《行政处罚法》的规定，如果违法所得应当依法退赔给受害人，那么这部分款项就不会被没收。例如，在消费者权益保护领域，如果经营者通过违法行为获取了消费者的额外付款，那么这部分款项应当退赔给消费者，而不是被没收。
2. 法律、行政法规、部门规章的特别规定：如果相关法律、行政法规、部门规章就某项违法行为设定了行政处罚，但未设定没收违法所得，那么行政机关就不能以《行政处罚法》的规定为由直接没收违法所得。此时，没收违法所得并非普遍授权，而是需要依据具体法律规定进行。
3. 行政裁量权的体现：选择适用没收违法所得是行政裁量权的体现。行政机关在决定是否没收违法所得时，会考虑违法行为的性质、情节、社会危害程度以及当事人的主观恶性等因素，以实现“过罚相当”的原则。

四、实际案例与操作建议

在实际操作中，行政机关会针对具体案件进行深入细致的调查与核实，确保能够识别并确认违法所得的全面性与准确性。一旦违法所得得以清晰界定，即依照法规规定采用相应手段进行追缴或责令退还。这些补充措施可能包括查封、扣押、冻结、拍卖、变卖违法所得等，以保证违法所得能够得到妥善处置。

建议：企业在经营过程中应严格遵守法律法规，避免违法行为的发生。如果一旦涉及违法行为，应积极配合行政机关的调查与处理工作，主动退赔违法所得（如适用），以减轻可能的法律后果。

如有任何关于企业违法与没收违法所得的具体问题或疑虑，欢迎直接向我咨询。