针对部分内容违法的行政许可，整改措施需根据违法情形、行政许可类型及法律法规要求综合确定，具体整改方向如下：

一、违法内容识别与分类

1. 程序违法
   若行政许可的审批程序存在违法（如未依法公示、未听取利害关系人意见、超期办理等），整改需严格补正程序：

   • 补正程序：重新履行法定程序（如公示、听证、期限内作出决定等），确保程序合法性。
     
   • 法律依据：根据《行政许可法》第三十六条（利害关系人陈述权）、第四十二条（期限规定）等条款，程序违法可能导致许可被撤销或确认无效。

2. 实体违法
   若行政许可的内容违反法律、法规的强制性规定（如许可范围超出法定权限、许可条件不合法等），整改需调整许可内容：

   • 修正许可内容：将违法部分修改为符合法律规定的范围或条件。
     
   • 撤销或变更许可：若违法内容无法修正，需依法撤销原许可或重新作出合法许可。
     
   • 法律依据：根据《行政许可法》第六十九条（撤销许可的情形），实体违法可能导致许可被撤销。

二、整改主体与责任

1. 行政机关责任

   • 自查自纠：行政机关发现许可违法后，应主动启动整改程序，包括补正程序、修正许可内容或撤销许可。
     
   • 上级监督：上级行政机关或监察机关可责令下级机关整改，并追究相关人员责任。
     
   • 法律依据：根据《行政许可法》第七十四条（行政机关违法责任），行政机关不依法履行职责的，需承担法律责任。

2. 被许可人责任

   • 配合整改：被许可人需按行政机关要求配合整改（如提交补充材料、调整经营行为等）。
     
   • 法律后果：若被许可人拒不整改，行政机关可依法撤销许可或采取其他处罚措施。
     
   • 法律依据：根据《行政许可法》第八十条（被许可人违法责任），被许可人违法使用许可的，需承担法律责任。

三、整改程序与步骤

1. 启动整改

   • 行政机关主动启动：通过内部审查、投诉举报或司法建议发现许可违法后，行政机关应立即启动整改。
     
   • 被许可人申请启动：被许可人发现许可违法后，可向行政机关提出整改申请，行政机关需依法处理。

2. 调查与认定

   • 调查违法事实：行政机关需调查许可违法的具体情形（如程序违法还是实体违法）、违法原因及责任主体。
     
   • 认定违法性质：根据调查结果，认定许可违法是否属于“重大且明显违法”（如超越法定权限、违反禁止性规定等）。

3. 制定整改方案

   • 程序违法整改方案：明确补正程序的具体步骤（如重新公示、听证等）及期限。
     
   • 实体违法整改方案：明确修正许可内容的具体方式（如调整许可范围、条件等）或撤销许可的依据。
     
   • 责任追究方案：明确对相关人员的责任追究措施（如警告、记过等）。

4. 实施整改

   • 补正程序：按整改方案补正程序，确保程序合法。
     
   • 修正许可内容：按整改方案修正许可内容，确保实体合法。
     
   • 撤销或变更许可：按整改方案撤销或变更许可，并通知被许可人。

5. 验收与公开

   • 整改验收：行政机关需对整改结果进行验收，确保整改到位。
     
   • 公开整改结果：行政机关需将整改结果依法公开，接受社会监督。

四、法律后果与风险防范

1. 行政机关法律后果

   • 程序违法后果：若行政机关程序违法且未整改，可能导致许可被撤销、行政复议或行政诉讼败诉。
     
   • 实体违法后果：若行政机关实体违法且未整改，可能导致许可被撤销、国家赔偿或相关人员被追责。

2. 被许可人法律后果

   • 拒不整改后果：若被许可人拒不配合整改，行政机关可依法撤销许可、处以罚款或采取其他处罚措施。
     
   • 违法使用许可后果：若被许可人违法使用许可（如超出许可范围经营），需承担行政处罚或刑事责任。

3. 风险防范建议

   • 行政机关：加强许可审批的合法性审查，建立内部监督机制，定期自查自纠。
     
   • 被许可人：严格按许可范围和条件经营，发现许可违法后及时向行政机关反映并配合整改。

如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律意见。