在商业保险中，保险公司以免责为由拒绝赔偿是否合法，这并非一个简单的“是”或“否”的问题，而是需要根据具体情况来细致分析。

首先，我们要明确的是，保险合同是保险公司与被保险人之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议。在这个合同中，双方会约定各自的权利和义务，包括哪些情况下保险公司需要承担赔偿责任，哪些情况下可以免责。因此，如果保险合同中已经明确且合法地约定了某些特定情形下保险公司可以拒绝赔付，那么在这些情形发生时，保险公司拒绝赔偿是合法的。

然而，这并不意味着保险公司可以随意以“免责”为由拒绝赔偿。保险合同的条款必须清晰明了，不能存在模糊或歧义的表述。如果合同中的免责条款不够明确，或者保险公司拒绝赔付的理由缺乏足够的说服力，那么被保险人完全有权依法维护自身的合法权益。

当保险公司决定拒绝赔付时，他们应该提供充分的证据来支持其决定，并给出合理的解释。作为被保险人，您有权要求保险公司提供详细的解释说明，以了解为何您的索赔被拒绝。如果保险公司未能提供合理的解释或证据，那么您可以考虑向保险监管部门提出投诉，或者选择通过法律诉讼等途径来维护自己的合法权益。

此外，我们还需要参考《中华人民共和国保险法》的相关规定。该法第四十四条规定：“保险人对保险标的损失给付保险金。但法律、行政法规、合同对损失承担有其他规定的除外。”这意味着，在法律、行政法规或合同有特别规定的情况下，保险公司可以按照这些规定来处理赔偿事宜，包括拒绝赔偿。

综上所述，商业保险中以免责为由拒绝赔偿是否合法，取决于保险合同的具体条款以及相关法律法规的规定。如果合同中的免责条款合法且明确，且保险公司能够提供充分的证据和合理的解释，那么其拒绝赔偿是合法的。反之，如果合同条款模糊或保险公司无法提供合理解释，被保险人则有权依法维护自己的权益。