若一个项目被认定为非法，其中的收益通常需要全部追回，但具体情况需结合非法性质、收益形态及法律程序综合判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 非法项目的收益追回原则

根据《民法典》及相关司法解释，非法行为产生的收益不受法律保护。若项目因违反法律、行政法规的强制性规定（如未取得施工许可、环保不达标、涉及非法集资等）被认定为非法，其收益通常会被认定为“非法所得”，需依法追回。
法律依据：

• 《民法典》第153条：违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
  
• 《刑法》第64条：犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔。
  

示例：若某建设工程因未取得施工许可证被认定为非法，其通过施工获得的利润可能被要求全额返还给发包方或相关权利人。

2. 收益追回的例外情形

并非所有非法项目的收益都会被无条件追回，需结合以下因素判断：

• 收益形态：若收益已转化为合法财产（如用于偿还合法债务、购买合法资产），可能需通过法律程序区分合法与非法部分。
  
• 善意第三人权益：若收益已流转至不知情的第三方（如材料供应商、分包商），且第三方已支付合理对价，可能受法律保护。
  
• 行政处罚与刑事追缴的区分：若项目涉及行政违法（如未备案），收益可能被行政机关没收；若涉及刑事犯罪（如诈骗），则由司法机关追缴。
  

示例：若非法项目的收益已用于支付工人工资（属合法劳动报酬），可能不会被全额追回，但需通过劳动仲裁或诉讼程序解决。

3. 收益追回的法律程序

收益追回通常通过以下程序实现：

• 行政程序：行政机关（如住建局、市场监管局）可依据《行政处罚法》没收非法所得。
  
• 民事程序：权利人（如发包方、投资人）可通过民事诉讼主张返还收益。
  
• 刑事程序：若项目涉及犯罪，公安机关可冻结、扣押涉案财物，由法院在判决中责令退赔。
  

建议：若您是项目相关方，应立即停止违法行为，主动配合调查，并咨询律师制定应对方案（如申请听证、提出异议），以减少损失。

4. 实务中的操作要点

• 证据固定：需保留项目合同、付款凭证、沟通记录等证据，以证明收益金额及流向。
  
• 时效限制：行政处罚的追诉期为2年，民事诉讼的时效为3年，需及时主张权利。
  
• 协商解决：在法律程序外，可尝试与对方协商返还比例或分期支付，以降低诉讼成本。
  

总结：非法项目的收益原则上需全部追回，但具体范围需结合项目性质、收益用途及法律程序综合判断。若您涉及此类纠纷，建议携带相关材料向我详细咨询，以便制定针对性策略。