当员工给公司造成严重损失时，赔偿问题确实是一个需要细致考虑和处理的环节。以下是对这一问题的详细解答：

一、赔偿的前提条件

首先，要明确的是，并非所有员工造成的损失都需要员工个人来赔偿。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果员工在执行工作任务过程中造成他人损害，原则上由用人单位（即公司）承担侵权责任。但是，如果员工对损害的发生存在故意或者重大过失，那么公司有权在承担侵权责任后，向该员工进行追偿。

二、赔偿的范围

如果员工确实存在故意或重大过失导致公司损失，公司可以要求员工承担的赔偿责任通常包括直接损失和间接损失。直接损失是指因员工行为直接导致的财产减少或价值降低，如货物损坏、设备故障等造成的直接经济损失。间接损失则是指因直接损失而引发的其他经济损失，如因停产、停业而导致的利润损失等。

三、赔偿的证明与确定

公司在要求员工赔偿时，需要证明损失与员工的行为之间存在因果关系，并且损失数额应当合理确定。这通常需要公司提供相关的证据材料，如损失清单、评估报告、员工行为记录等。同时，赔偿数额的确定也需要考虑员工的过错程度、经济承受能力等因素，避免出现不合理的赔偿要求。

四、赔偿的方式

赔偿方式可以是一次性支付赔偿金，也可以在员工工资中扣除相应金额。但需要注意的是，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这样的规定旨在保护员工的合法权益，避免因赔偿而影响其基本生活。

五、特殊情况的处理

如果员工的行为属于职务行为，且是为了公司的利益，那么公司通常不能要求员工赔偿。但是，公司可以根据内部规定对员工进行相应的处理，如警告、降职等。此外，如果员工的行为涉及违法犯罪，如故意破坏公司财产、盗窃等，那么公司还可以依法追究员工的刑事责任。

六、实际案例分析

以您提供的案例为例，张三作为A运输公司的司机，在运输过程中因突发暴雨导致大米受潮变质。虽然张三确实履行了驾驶员的工作职责，并尽力抢救货物，但并未存在故意或重大过失。因此，A公司不享有向张三追偿的权利。这个案例也说明了，在判断员工是否需要赔偿时，需要综合考虑员工的行为、过错程度以及损失与行为之间的因果关系等因素。

综上所述，当员工给公司造成严重损失时，赔偿问题需要根据具体情况进行细致分析和处理。公司应当依法行事，合理确定赔偿范围和方式，同时保护员工的合法权益。