针对您提出的问题，即法院查封扣押的财产由申请执行人保管，但被申请执行人私自处理变卖了该怎么办，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，已被司法机关依法查封、扣押、冻结的财产，非经法定程序，任何人都不得实施隐藏、转移、变卖等处置行为。这是为了维护法律的尊严和司法权威，保障申请执行人的合法权益，以及确保诉讼的顺利进行。
若被申请执行人明知财产已被法院查封，仍擅自进行变卖，这一行为不仅侵害了申请执行人的合法权利，还严重妨碍了人民法院的执行工作。根据相关法律法规，这种行为可能会构成非法处置查封、扣押、冻结的财产罪。
具体来说，如果被申请执行人私自变卖了法院查封的财产，申请执行人可以采取以下措施：
及时向法院报告：申请执行人应立即将这一情况报告给负责执行的法院，以便法院能够及时采取措施，防止损失进一步扩大。
要求法院追究责任：法院在得知情况后，会向被申请执行人送达涉嫌非法处置查封、扣押、冻结的财产犯罪预告书，并责令其在规定期限内将查封财产追回或退赔擅自处分查封财产造成的财产损失。如果被申请执行人未进行退赔也未及时追回，法院可能会将该案中涉嫌犯罪线索移送当地公安机关。
寻求法律救济：如果被申请执行人的行为给申请执行人造成了损失，申请执行人还可以通过法律途径寻求救济，要求被申请执行人赔偿损失。
此外，根据《中华人民共和国刑法》第三百一十四条的规定，隐藏、转移、变卖、故意毁损已被司法机关查封、扣押、冻结的财产，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者罚金。这意味着，如果被申请执行人的行为构成犯罪，将面临法律的严厉制裁。
为了避免类似情况的发生，法官也提醒广大群众，在财产保全期间，被保全人不得擅自处分查封、扣押、冻结的财产。如果确有必要处分被保全财产，被保全人可以向法院申请自行处分被保全财产，由法院监督被保全人按照合理价格在指定期限内处分，并控制相应价款。
综上所述，如果被申请执行人私自处理变卖了法院查封的财产，申请执行人应及时向法院报告，并要求法院追究其责任。同时，申请执行人也可以通过法律途径寻求救济，要求被申请执行人赔偿损失。在任何情况下，都应当尊重司法权威，不可恣意妄为，妨害司法秩序。