发放借款时利息预先从本金中扣除的约定是不合法的。以下是我对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第六百七十条的规定：“借款的利息不得预先在本金中扣除。利息预先在本金中扣除的，应当按照实际借款数额返还借款并计算利息。”这一条款明确禁止了预先扣除利息的行为，旨在保护借款人的合法权益，避免出借人通过不正当手段提高实际利率。

2. 实际操作与法律后果：

   • 在实际操作中，若出借人在提供借款时预先扣除了利息，那么借款本金应按照实际出借的金额来认定，而非借条或借款合同上所载明的金额。利息的计算也应以实际出借金额为基数。
   • 例如，若甲借给乙10万元，但预先扣除了1万元作为利息，则实际借款本金应认定为9万元，利息也应以9万元为基数进行计算。

3. 合同条款的考量：

   • 尽管贷款合同或协议中可能包含预先扣除利息的条款，但若此条款违反了《民法典》的相关规定，特别是当预先扣除导致借款人实际获得金额少于约定，或利率超出法定上限时，该条款将被视为无效，且整个预先扣息行为亦属违法。

4. 特殊情况的处理：

   • 对于支付服务费的情况，法律并非绝对禁止，但“用借款本金支付服务费”这一做法的合法性取决于具体情况。如果借款人主张某笔款项是服务费，则需要提供充分的证据（如服务合同、服务内容等）来证明，服务费应是合理的、必要的，且没有超出法律规定的范围，才会获得支持。

5. 法律建议：

   • 作为借款人，在借款时应仔细审查贷款合同的所有条款，确保其不仅清晰明确，而且完全符合法律法规的要求。重点检查是否含有预先扣除利息的条款，以及该条款是否符合法律规定。
   • 若遇到出借人预先扣除利息的情况，借款人只需偿还实际借款数额及其利息即可。如有争议，可寻求法律途径解决。

综上所述，发放借款时利息预先从本金中扣除的约定是不合法的。为保护双方权益，建议在签订借贷合同前仔细审查合同条款，确保其公平性与合法性。如有任何法律问题或疑虑，可直接向我咨询。