关于合同工资比实际发放工资低的问题，需要分情况来看：
正常差异情况：
- 在劳动合同中，通常约定的工资是基本工资，而实际发放的工资可能包含绩效奖金、加班工资、补贴等额外收入。这些额外收入是按照公司合法的薪酬制度和考核办法发放的，并不构成违法问题。例如，劳动合同约定基本工资为5000元，但根据业绩考核，公司额外发放了1000元的绩效奖金，因此实际月工资为6000元，这属于合理范畴。
不合理差异及应对措施：
- 未经协商降低工资：如果用人单位未经与劳动者协商一致，擅自降低工资发放标准，这是违法的。劳动者可以首先与用人单位的人力资源部门或上级领导友好沟通，指出工资发放与劳动合同约定不符，要求其按合同约定支付工资。若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉，要求其监督检查并责令用人单位改正违法行为，支付所欠工资。投诉时需准备劳动合同、工资发放记录等相关证据。如问题仍未解决，可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求补足工资差额及可能的经济补偿。对仲裁结果不满意者，可在规定期限内向人民法院提起诉讼。
- “工资拆分”以规避社保、公积金缴费：有些公司可能通过“工资拆分”的方式，将部分工资以其他名义发放，以降低社保、公积金的缴费基数，这是不合法的。劳动者可以要求用人单位按照实际工资重新签订劳动合同。如用人单位拒绝，可向劳动监察部门投诉，要求其纠正违法行为并保障劳动者权益。
- 合同约定不明确导致争议：若劳动合同对工资的约定不明确，双方应首先尝试重新协商。协商不成时，适用集体合同规定；无集体合同或集体合同未规定劳动报酬的，实行同工同酬；无集体合同或集体合同未规定劳动条件等标准的，适用国家有关规定。在此过程中，劳动者同样可通过投诉、仲裁等途径来维护自身权益，要求明确工资标准并补足差额。
合同工资低于当地最低工资标准：
- 如果合同工资低于当地最低工资标准，那么这种约定就是不合法的。劳动者可以要求用人单位按照最低工资标准支付工资。如果用人单位拒绝，劳动者同样可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
作为吴勇波律师，我建议劳动者在遇到合同工资与实际发放工资不一致的情况时，首先要保持冷静，了解自己的权益和法律规定。然后，可以尝试与用人单位进行友好沟通，寻求解决方案。如果沟通无果，不要犹豫，及时采取法律手段来维护自己的合法权益。如果你有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议和帮助。