建设单位以施工单位未落实安全措施为由扣减安全文明施工费是否合法，需分情况讨论：

1. 若合同中有明确约定且施工单位确实未落实安全措施：

   • 在这种情况下，如果建设单位与施工单位在施工合同中明确约定了安全文明施工费的支付条件，包括施工单位需落实的安全措施，且施工单位确实未按照约定落实这些安全措施，那么建设单位扣减安全文明施工费可能是合法的。因为合同是双方意思表示一致的产物，双方都应遵守合同约定。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国合同法》（现《民法典》合同编）的相关规定，当事人应当按照约定全面履行自己的义务。如果一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。

2. 若合同中无明确约定或施工单位已落实安全措施：

   • 如果施工合同中没有明确约定安全文明施工费的支付与施工单位落实安全措施之间的关联，或者施工单位已经按照约定和相关规定落实了安全措施，那么建设单位以施工单位未落实安全措施为由扣减安全文明施工费就是不合法的。因为建设单位没有合同依据或法律依据来扣减这笔费用。
   • 法律后果：在这种情况下，施工单位有权要求建设单位按照合同约定支付安全文明施工费，并可能因此产生纠纷。如果纠纷无法通过协商解决，施工单位可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。

3. 关于安全文明施工费的性质和用途：

   • 安全文明施工费是用于施工现场安全防护、文明施工等方面的费用，是保障施工安全和文明施工的重要资金来源。因此，这笔费用的支付和使用都应受到严格的监管和约束。
   • 建议：无论是建设单位还是施工单位，都应严格遵守合同约定和相关法律法规，确保安全文明施工费的合理支付和使用。同时，双方也应加强沟通和协作，共同维护施工现场的安全和文明施工环境。

综上所述，建设单位以施工单位未落实安全措施为由扣减安全文明施工费是否合法，需根据合同约定和实际情况来判断。如果有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。