招标文件中不能约定扣除安全文明施工费。下面我将从相关法规和实际操作两个角度进行详细解释：

1. 法规依据：

   • 根据《四川省建设工程安全文明施工费计价管理办法》等相关规定，安全文明施工费是建设工程中必须计取的费用，且不得作为竞争性费用。这意味着，安全文明施工费应当按照规定的标准计取，而不能在招标文件中被约定扣除。
   • 此外，《建筑法》等法律法规也规定了建筑工程开工前必须办理施工许可证，而安全文明施工费是保障施工安全的重要费用，不应因未办理施工许可证而被扣除。

2. 实际操作：

   • 在实际招标过程中，招标文件应当遵循公平、公正、公开的原则，不得设置不合理的条款损害投标人的合法权益。约定扣除安全文明施工费的做法，显然违背了这一原则。
   • 同时，安全文明施工费的计取和使用也受到相关监管部门的监督，确保资金用于保障施工安全。如果招标文件中约定扣除该费用，将可能面临监管部门的处罚和问责。

综上所述，招标文件中不能约定扣除安全文明施工费。如果招标文件中存在这样的条款，建议投标人及时向招标方或相关监管部门提出质疑，并要求修改招标文件。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。