当发现公司公章怀疑被他人使用时，您应立即采取以下措施来保护公司的合法权益：
区分使用情形并初步应对：
- 经公司授权的正常使用：若确认是公司内部正常审批流程下的使用，则需跟进使用后果，确保合同等法律文件得到妥善履行。
- 未经公司授权的擅自使用：
- 内部员工擅自使用：需固定证据，如文件副本、照片等，评估对公司的影响，并根据公司规章制度对涉事员工进行纪律处分。若涉嫌犯罪，如伪造公司印章罪，应及时向公安机关报案。
- 外部人员擅自使用（盗用、冒用等）：应立即报警，并通过公开渠道发布声明，表明公章使用未经授权，相关文件不具有法律效力。同时，聘请专业律师，通过法律途径维护公司权益。
具体应对措施：
- 立即报警：公章被滥用时，应立即向公安机关报案，追究滥用者的法律责任。
- 内部调查与追责：彻查原因和责任人，根据公司规章制度和法律法规对责任人进行严肃处理。
- 通知相关方并处理合同问题：及时通知合同相对方，陈述事实，尝试解除合同或协议。若对方不予配合，可通过法律途径认定合同无效或解除合同。
- 加强公章管理：建立健全公章管理制度，明确使用权限、审批流程和保管责任。确保公章由专人保管，放置在安全地方，并定期检查和审计公章使用情况。
- 法律途径维权：若公章滥用行为给公司造成经济损失或声誉损害，可通过法律途径向滥用者索赔。收集证据并提起诉讼或仲裁程序，维护公司合法权益。
法律后果与预防：
- 法律后果：公章滥用行为可能构成伪造公司印章罪等刑事犯罪，滥用者将面临刑事处罚。同时，公司也可能因公章滥用而承担民事责任，如合同纠纷等。
- 预防措施：为防止类似事件再次发生，公司应加强公章管理，完善审批流程和保管制度。同时，提高员工法律意识，确保公章使用符合法律法规和公司规章制度。
作为周定国律师，我专注于公司事务和婚姻家庭领域，若您在公司公章管理或其他法律问题上遇到困难，欢迎直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律建议和解决方案。