业主大会通过表决实行业主自治，由业主委员会自治办公室收取物业费，在符合一定条件下是合法的。以下是详细分析：
一. 合法的依据与条件
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第九百三十九条，业主委员会与业主大会依法选聘的物业服务人订立的物业服务合同，对业主具有法律约束力。在业主自治的情况下，虽然可能没有选聘外部物业服务人，但业主大会的决策对全体业主同样具有法律约束力。
合法条件：
- 业主大会的合法表决：业主大会必须按照法定程序召开，且关于自治及物业费收取的决策需经专有部分面积占比三分之二以上且人数占比三分之二以上的业主参与表决，并获得过半数同意。
- 业主委员会的合法性：业主委员会需依法成立，并经过相关政府部门的备案。其自治办公室作为业主委员会的下设机构，需在业主委员会的授权范围内行事。
- 收费标准的合理性：物业费收费标准需经过业主大会的充分讨论和表决，确保合理、公平、公开，并考虑小区实际情况。
二. 实际操作中的注意事项
- 确保程序合规：在业主自治过程中，从业主大会的召开、决策的制定到物业费的收取，都需严格遵守法定程序，确保每一步都合法合规。
- 加强监管与公开：业主委员会应加强对物业费收取和使用情况的监管，定期公布收支账目，接受业主监督，确保费用使用的透明性和合理性。
- 及时沟通解决争议：在物业费收取过程中，若遇到业主质疑或反对，业主委员会应及时进行沟通解释，寻求共识，确保自治管理的顺利进行。
三. 结论
综上所述，业主大会通过表决实行业主自治，并由业主委员会自治办公室收取物业费，在符合法定条件和程序的前提下是合法的。然而，在实际操作中需特别注意程序的合规性、收费的合理性以及使用的透明度等方面的问题，以确保业主自治管理的顺利进行和物业费收取的合法性。
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