以单位内部门与对方签署的协议是否具有法律效力，需从形式要件和实质要件两方面综合考量：

1. 形式要件方面：

   • 协议需有双方签字盖章等外在表现，这是确保协议是双方达成一致的重要标志。签字盖章意味着双方对协议内容的认可和承担相应责任的承诺。若单位内部门与对方签署的协议满足这一形式要件，则从形式上看，该协议是具有法律效力的初步体现。

2. 实质要件方面：

   • 协议内容不能违反法律法规的强制性规定，也不能损害国家利益、公共利益等。这是协议具有法律效力的核心前提。若协议内容存在违法情况，如违反最低工资标准、环保法规等强制性规定，则该协议部分或全部可能无效。
   • 协议还需是双方真实意思的表示，不存在欺诈、胁迫等情况。若单位内部门与对方签署的协议是在双方自愿、平等的基础上达成的，且协议内容合法合规，则该协议对双方均具有法律约束力。

举例说明：

• 假设某单位内部门与供应商签署了一份采购协议，协议中明确了采购物品的名称、数量、价格、交货时间等条款，且双方均有签字盖章。从形式要件上看，该协议是具有法律效力的。
• 若进一步审查协议内容，发现其中约定的采购价格低于市场合理价格，但并未违反任何法律法规的强制性规定，且双方均是在自愿、平等的基础上达成的协议，则该协议在实质要件上也符合要求，对双方均具有法律约束力。
• 然而，若协议中约定了违反环保法规的条款，如要求供应商在生产过程中排放超标污染物，则该条款因违反法律法规的强制性规定而无效。但协议中其他合法合规的条款仍可能对双方具有法律约束力。

法律建议：

• 在签署单位内部门与对方签署的协议时，应仔细审查协议内容，确保其符合法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示。
• 若对协议内容存在疑虑或不确定之处，建议及时咨询专业律师进行审查，以避免潜在的法律风险。

总结： 以单位内部门与对方签署的协议是否具有法律效力，需综合考虑形式要件和实质要件。若协议满足双方签字盖章等外在形式要求，且协议内容合法合规、是双方真实意思的表示，则该协议对双方均具有法律约束力。如有任何法律问题或疑虑，可直接向我咨询。