在民事诉讼中，当原告的证据不能证明被告的主体资格时，法院的判决通常会遵循“谁主张，谁举证”的基本原则。以下是对这一问题的详细解答：
一、法院判决的基本原则
在民事诉讼中，原告需要为其所主张的事实提供证据。如果原告的证据不足以证明被告的主体资格，即无法证明被告是适格的诉讼主体，那么法院在审理过程中可能会发现这一证据缺陷。
二、法院可能的判决
驳回原告诉讼请求：
- 如果原告的证据确实无法证明被告的主体资格，且没有其他证据或理由能够支持原告的主张，那么法院很可能会驳回原告的诉讼请求。这是因为，在民事诉讼中，证据是认定事实、作出判决的基础。没有充分的证据，法院无法确认原告所主张的事实，也就无法支持其诉讼请求。
考虑举证责任倒置的情况：
- 虽然在大多数情况下，举证责任由原告承担，但在某些特定类型的案件中（如环境污染案件、产品责任案件等），法律可能会规定举证责任倒置，即由被告承担证明其无过错或无责任的举证责任。然而，在原告证据不能证明被告主体资格的情况下，举证责任倒置通常并不适用，因为这一原则主要关注的是过错或责任的证明，而非主体资格的证明。
综合判定（在行政诉讼中）：
- 需要注意的是，行政诉讼与民事诉讼在举证责任上有所不同。在行政诉讼中，通常由被告（行政机关）承担举证责任。然而，即使原告在行政诉讼中证据不足，法院也会结合被告的举证情况来综合判定。但在本题所讨论的民事诉讼情境下，这一原则并不直接适用。
三、原告的后续行动
补充证据：
- 如果原告认为其证据不足，可以在举证期限内尽快补充证据。这可能包括收集新的证据、申请法院调查取证等。
重新起诉：
- 如果原告在后续发现了新的关键证据，且这些证据足以证明被告的主体资格，那么原告可以在规定的诉讼时效内重新提起诉讼。
接受判决结果：
- 如果原告认为其已经尽力提供了证据，但仍然无法证明被告的主体资格，那么原告可能需要接受法院的判决结果，并考虑其他法律途径或解决方案。
四、不同类型案件的证据认定标准
不同类型的案件在证据认定标准上可能存在差异。例如，在某些涉及复杂法律关系或专业知识的案件中，法院可能会对证据的证明力、关联性、合法性等方面提出更高的要求。因此，在准备证据时，原告需要充分了解相关案件类型的证据认定标准，并据此准备充分的证据。
综上所述，当原告的证据不能证明被告的主体资格时，法院很可能会驳回原告的诉讼请求。但原告仍有权在举证期限内补充证据、重新起诉或接受判决结果。同时，不同类型的案件在证据认定标准上可能存在差异，原告需要充分了解并据此准备充分的证据。