员工只签三个月合同是合法的。以下从法律角度进行详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同分为固定期限劳动合同、无固定期限劳动合同和以完成一定工作任务为期限的劳动合同。其中，固定期限劳动合同是指用人单位与劳动者约定合同终止时间的劳动合同，这个期限可长可短，法律并未限制其最短期限。

2. 三个月合同的合法性：

   • 因此，用人单位与劳动者协商一致，可以订立为期三个月的固定期限劳动合同。只要合同内容符合法律规定，双方意思表示真实，该合同就具有法律效力。

3. 试用期的规定：

   • 需要注意的是，若劳动合同期限三个月以上不满一年，试用期不得超过一个月；劳动合同期限不满三个月或以完成一定工作任务为期限的劳动合同，不得约定试用期。所以，在签订三个月的劳动合同时，通常不会约定试用期。

4. 合同到期后的处理：

   • 当三个月的劳动合同到期后，双方可根据意愿决定是否续签。如果双方都愿意继续合作，可以重新签订一份新的劳动合同；如果一方或双方不愿意继续合作，则合同自然终止。

5. 对劳动者的保障：

   • 尽管合同期限较短，但用人单位仍需依法保障劳动者的各项权益，包括但不限于支付劳动报酬、提供劳动保护、缴纳社会保险等。劳动者在合同期间内也应正常提供劳动，享受相应权益。

综上所述，员工只签三个月合同是合法的，但双方在签订合同时应明确各自的权利和义务，确保合同内容符合法律规定。如有任何法律问题或疑虑，可以直接向我咨询。