针对您提出的“和总公司签了合作协议后是由别人当了法人，此协议是否有效”的问题，我的结论是：该合作协议在一般情况下是有效的。以下是我从多个角度进行的详细分析：

1. 协议的有效性基础：

   • 合作协议的有效性主要取决于协议双方是否具有相应的民事行为能力、意思表示是否真实、协议内容是否合法以及是否违反了公序良俗。
   • 在您的情况下，与总公司签订合作协议时，您和总公司（或其代表）均具备相应的民事行为能力，且意思表示真实，协议内容也未违反法律法规和公序良俗。

2. 法人变更对协议的影响：

   • 法人变更，包括法定代表人的变更，是公司内部管理结构的变化，并不直接影响公司与外部第三方签订的协议的效力。
   • 除非协议中有特别约定，如“法定代表人变更则协议无效”等条款，否则法人变更不会导致协议失效。

3. 协议履行的连续性：

   • 即使总公司后来更换了法定代表人，原合作协议仍然有效，且新法定代表人应当继续履行原协议中的义务。
   • 如果新法定代表人拒绝履行原协议，您有权依据协议约定和法律规定，要求总公司承担违约责任。

4. 可能的法律后果：

   • 如果总公司因法人变更而拒绝履行原协议，您可以通过法律途径维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。
   • 在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构将主要审查协议的有效性、履行情况以及违约责任等事实，而不会因法人变更而否定协议的效力。

综上所述，和总公司签了合作协议后，即使是由别人当了法人，此协议在一般情况下仍然是有效的。如果您在协议履行过程中遇到任何问题或纠纷，欢迎随时向我咨询，我将为您提供专业的法律建议和帮助。