针对您提出的“取得虚开的发票超过5年怎么处理”这一问题，我将从税款追征期与处罚追溯期的法律适用差异、虚开发票不同情形的处理差异以及申辩时应关注的要点三个方面，为您进行详细解答。
一、税款追征期与处罚追溯期的法律适用差异
根据现行税收法律法规，税务机关对税务违法行为的行政处罚追溯期限通常为五年，税款及滞纳金的追征期一般亦为五年。但需要注意的是，涉及偷税、骗税、抗税及欠税等特殊情形的，追征期限不受限制。具体来说：
税务机关责任导致少缴税款：税务机关在三年内可以要求企业补缴税款，且不加收滞纳金。
纳税人计算错误等失误：税务机关在三至五年内可以追征税款，并加收滞纳金。
偷税、抗税、骗税行为：税务机关可以无限期追征税款及滞纳金。
二、虚开发票不同情形的处理差异
对于取得虚开发票的企业，其面临的行政责任追征期与行政处罚追溯期将因具体行为定性而异。税务机关会结合业务真实性、主观状态、税款损失情况等因素进行综合判断。如果企业虚开发票的行为被定性为偷税，那么税款及滞纳金的追征期将不受五年限制，而是无限期追征。
三、申辩时应关注的要点
企业在涉案时，除了从业务真实性、行政定性等实体层面进行申辩外，也应当关注所涉案件中追征期与处罚追溯期的适用问题。具体来说：
追征期起算时点：根据《税收征收管理法实施细则》及相关通知，税款追征期的起算时点以“应缴未缴或者少缴税款之日”为基准。对于增值税，纳税申报期届满次日为起算点；对于企业所得税，汇算清缴截止的次日起算。
处罚追溯的“连续性”认定：根据《行政处罚法》规定，处罚追溯期一般以违法行为发生之日起进行计算。但违法行为存在连续或继续状态的，应当自违法行为终了之日起计算。
“发现时点”的司法认定标准：虽然《税收征收管理法实施细则》明确了起算规则但未规定终止标准，但实践中通常会参照处罚追溯期，以税务机关发现的时点作为终点。不过，法院对此的判断标准可能呈现多样化，包括立案调查（或者稽查）时、发出税务检查通知书之时、送达税务检查通知时等。
结论与建议
对于取得虚开发票超过5年的情况，如果企业虚开发票的行为未被定性为偷税等特殊情形，且税务机关在五年内未发现该违法行为，那么根据现行法律法规，企业可能不再需要承担税款及滞纳金的追征责任，也不再面临行政处罚。然而，如果企业虚开发票的行为被定性为偷税等特殊情形，或者税务机关在五年内发现了该违法行为，那么企业将需要承担相应的税款及滞纳金追征责任，并可能面临行政处罚。
因此，我建议您在处理此类问题时，务必及时与税务机关进行沟通，了解案件的具体情况，并咨询专业的税务律师或会计师，以便制定合适的应对策略，维护企业的合法权益。