结论：
一般情况下，甲方不能未经乙方同意擅自拿走门店的执照。门店执照作为门店合法经营的凭证，其归属和使用应遵循相关法律法规及双方合同约定。
若合同中有明确约定或法律有特殊规定，则需根据具体情况判断。
详细分析：
一、从合同约定的角度
在门店承包合同中，双方通常会就门店的经营权、管理权、执照使用等事项进行明确约定。如果合同中明确规定了执照的保管、使用及归还等事项，那么双方应严格按照合同约定执行。甲方未经乙方同意擅自拿走执照，可能构成违约行为，乙方有权要求甲方承担违约责任。
二、从法律规定的角度
营业执照的归属：根据《中华人民共和国公司法》及相关法律法规，营业执照是企业合法经营的凭证，其归属应属于企业本身或依法享有经营权的主体。在门店承包关系中，若乙方是依法享有门店经营权的主体，则执照应归乙方保管和使用。
擅自拿走执照的法律后果：甲方未经乙方同意擅自拿走执照，可能干扰乙方的正常经营活动，甚至导致乙方无法合法经营。这种行为可能构成对乙方经营权的侵犯，乙方有权要求甲方停止侵害、恢复原状并赔偿损失。同时，如果甲方的行为违反了相关法律法规，还可能面临行政处罚或刑事责任。
三、特殊情况下的处理
合同中有明确约定：如果合同中明确规定了甲方在特定情况下有权拿走执照（如乙方严重违约、门店存在安全隐患等），则甲方在符合约定条件的情况下可以拿走执照。但即便如此，甲方也应遵循法定程序，确保行为的合法性。
法律有特殊规定：在某些特殊情况下，如门店涉及违法经营、被吊销营业执照等，相关部门可能依法收缴或吊销执照。这种情况下，执照的拿走并非由甲方或乙方决定，而是由相关部门依法执行。
法律建议：
审查合同条款：建议双方首先审查门店承包合同中的相关条款，明确执照的保管、使用及归还等事项。
协商解决：如果甲方未经乙方同意擅自拿走执照，乙方应首先与甲方进行协商，要求甲方归还执照并承担相应责任。
寻求法律救济：如果协商无果，乙方可以向相关部门投诉或向法院提起诉讼，要求甲方承担违约责任或侵权责任。
总结：
在门店承包关系中，甲方未经乙方同意擅自拿走执照的行为通常是不合法的。双方应严格遵守合同约定和法律法规，确保门店的合法经营和双方的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。