在交通事故中，当主次责任被明确划分，且涉及被保险人（次要责任方）和第三人（主要责任方）时，保险公司的赔付流程通常遵循以下原则：

一、交强险赔付

首先，无论责任比例如何，交强险都会在其责任限额内对第三方（即受害者）的人身伤亡和财产损失进行赔付。交强险的赔付不区分责任比例，只要被保险车辆在事故中有责任（无论是主要责任还是次要责任），交强险都会按照其规定的限额进行赔付。具体来说，有责赔偿限额包括：死亡伤残赔偿限额18万元，医疗费用赔偿限额1.8万元，财产损失赔偿限额0.2万元。

二、超出交强险部分的赔付

对于超出交强险责任限额的部分，赔付责任将根据事故双方的责任比例来分担。在您描述的情况下，被保险人承担次要责任，第三人承担主要责任。

• 若双方均为机动车：

  • 主要责任方（第三人）通常承担70%的赔偿责任。
  • 次要责任方（被保险人）承担剩余的30%赔偿责任。
  • 各自保险公司在商业三者险范围内按照此比例进行赔付。如果未投保商业三者险，则由责任人自行承担相应比例的赔偿责任。

• 若一方为机动车，另一方为非机动车或行人：

  • 机动车主要责任方通常承担80%的赔偿责任。
  • 机动车次要责任方承担40%的赔偿责任（但在此情况下，由于被保险人是次要责任方且为机动车，所以其实际承担比例仍为30%左右，具体比例可能因地区和具体法规而异，但通常不会超过40%，且在此类事故中，非机动车或行人往往被视为弱势一方，机动车方的责任比例会相应提高）。不过，按照常规理解，在机动车与非机动车或行人之间的事故中，若机动车为次要责任方，其承担比例通常仍为30%，而机动车主要责任方则承担更高比例。这里的40%可能是对特定情况或地区法规的提及，但一般原则下机动车次要责任方承担30%。
  • 同样，各自保险公司在商业三者险范围内按照相应比例进行赔付，未投保商业三者险的则由责任人自行承担。

三、赔付项目

赔付项目主要包括人身损害赔偿和财产损害赔偿两大类。具体涵盖医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、营养费、残疾赔偿金（若适用）、残疾辅助器具费（若适用）、被扶养人生活费（若适用）、康复费、后续治疗费、丧葬费（若适用）、死亡补偿费（若适用）以及车辆维修费用、车辆所载物品的损失、车辆施救费用、经营性车辆的停运损失、非经营性车辆因无法继续使用所产生的通常替代性交通工具的合理费用等。

四、注意事项

• 在处理交通事故赔偿时，应妥善保留好相关证据，如医疗票据、误工证明、车辆维修发票等，以便后续索赔。
• 双方可就赔偿事宜进行协商；若协商不成，可通过诉讼途径解决，由法院根据具体情况判定赔偿金额及责任分担。
• 建议咨询专业律师或保险代理人以获取更准确的法律意见和帮助，特别是在涉及复杂情况或法律诉讼时。

综上所述，保险公司在交通事故中的赔付流程遵循先交强险后商业险的原则，并根据事故双方的责任比例来分担超出交强险部分的赔付责任。同时，赔付项目涵盖人身损害和财产损害两大类，具体赔付金额和项目需根据实际情况和法律法规来确定。