针对您提出的问题“协议上标明签字盖章有效但甲方并未签字盖章只有乙方签字，那么这协议有效吗”，我们可以从以下几个方面进行分析：
协议生效的一般条件：
- 通常情况下，协议的生效需要双方当事人的意思表示达成一致，并体现在协议上。如果协议明确写明需要双方签字且盖章才生效，那么仅乙方签字而甲方未签字盖章的情况下，协议一般并未生效。
实际履行原则：
- 然而，也存在特殊情况。如果乙方已经履行了协议中的主要义务，而甲方对此予以接受，那么根据“实际履行”原则，该协议也有可能被认定为有效。这是因为实际履行体现了双方对协议内容的认可和接受，即使形式上未完全满足签字盖章的要求。
协议效力的综合判断：
- 协议的效力并非仅由签字盖章这一形式要件决定，还需要综合考虑协议的内容、双方当事人的意思表示、实际履行情况等因素。如果协议内容合法、不违背公序良俗，且双方当事人有实际履行行为，那么即使未签字盖章，协议也可能被认定为有效。
针对您具体情况的建议：
- 在您的情况下，由于协议上标明签字盖章有效但甲方并未签字盖章，只有乙方签字，因此从形式上看协议并未生效。但是，如果乙方已经履行了协议中的主要义务，且甲方对此予以接受，那么您可以考虑通过实际履行来主张协议的有效性。
- 同时，为了避免后续可能出现的纠纷和争议，建议您与甲方进行沟通协商，明确双方的权利和义务，并尽可能通过补充签字盖章等方式来完善协议的形式要件。
综上所述，协议的效力并非仅由签字盖章这一形式要件决定，还需要综合考虑多种因素。在您的情况下，如果乙方已经履行了协议中的主要义务且甲方予以接受，那么您可以考虑通过实际履行来主张协议的有效性。但为了避免后续纠纷，建议您与甲方进行沟通协商并完善协议的形式要件。如果您有任何进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请随时向我咨询。