租车一天按三个月收费是否合法，需视具体情况而定：
若合同中有明确且合理的约定，并已尽到提示和说明义务：
- 在租车合同中，如果已经明确且合理地约定了“租车不满三个月按三个月收费”这一条款，并且租车公司在订立合同前已经尽到了提示和说明义务，让消费者充分知晓了这一规定，那么此约定通常具有法律效力，收费行为也是合法的。因为合同遵循意思自治原则，双方自愿达成的约定，在不违反法律法规强制性规定和公序良俗的前提下，应予以遵守。
若合同中未明确约定，或未尽到提示和说明义务：
- 如果租车合同事先未明确此条款，或者租车公司未对该特殊收费方式进行合理提示与说明，导致消费者在不知情的情况下遭遇了这种收费，那么该收费行为可能不合法。消费者有权以合同显失公平、未履行告知义务等理由，要求租车公司按照实际租车时长收费。若协商不成，消费者可以通过向消费者协会投诉、申请仲裁或提起诉讼等途径来维护自身的合法权益。
从用户的角度出发，建议如下：
- 在签订租车合同前，务必仔细阅读合同条款：特别是关于收费、租期、违约责任等方面的约定，确保自己充分理解并同意合同内容。
- 若对合同条款有疑问或不满，应及时与租车公司沟通：要求租车公司进行解释或修改，以避免后续产生纠纷。
- 若遭遇不合理的收费行为，应保留好相关证据：如租车合同、收费凭证、沟通记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同是双方自愿达成的协议，应遵循公平、诚实信用的原则。若合同中的条款显失公平或未尽到提示和说明义务，导致一方遭受损失，受损方有权要求变更或撤销合同。
总结：
租车一天按三个月收费是否合法，关键在于合同中是否有明确且合理的约定，以及租车公司是否尽到了提示和说明义务。作为消费者，在签订租车合同前应仔细阅读合同条款，确保自己的权益得到保障。若遭遇不合理的收费行为，应及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。