辞职证明公司通常会保存，并且根据法律规定，公司需要在解除或终止劳动合同时出具辞职证明，并保存已解除或终止的劳动合同文本至少二年备查。以下是详细分析：

一、辞职证明的保存

1. 公司保存义务：根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，必须出具解除或者终止劳动合同的证明。这一规定意味着，公司不仅有义务为员工出具辞职证明，也有责任妥善保存这份证明。

2. 保存期限：同样依据上述法条，用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。这意味着辞职证明作为劳动合同解除或终止的直接证据，也应在公司被保存至少二年。

二、辞职证明的去向

1. 公司留存：如上所述，公司需要保存辞职证明至少二年，以备查或应对可能的法律纠纷。因此，在大多数情况下，辞职证明会首先由公司留存。

2. 员工个人保管：虽然公司需要保存辞职证明，但员工个人也应妥善保管这份重要文件。因为辞职证明在员工求职、办理社保、公积金转移等方面都可能发挥重要作用。

3. 档案转移：在某些情况下，如员工离职后需要将档案转移到新单位或人才交流中心等，辞职证明可能会作为档案的一部分被转移。但这并不意味着公司不再保存辞职证明，因为公司仍需遵守法律规定的保存义务。

综上所述，辞职证明公司通常会保存，并且根据法律规定有义务至少保存二年。员工个人也应妥善保管这份文件，以备不时之需。同时，在特定情况下，辞职证明可能会作为档案的一部分被转移，但公司仍需履行其保存义务。如有进一步需要，您可以继续咨询我。