针对您提出的“员工和公司是劳动关系，合作协议还有效吗”这一问题，我的结论是：合作协议是否有效需视具体情况而定。以下是我从不同角度进行的详细分析：

1. 合作协议内容合法且反映真实意愿：

   • 如果合作协议的内容如实反映了双方的合作意愿，且没有违反法律法规的强制性规定以及公序良俗，同时员工也具备相应的民事行为能力，那么这份合作协议通常是有效的。
   • 例如，协议中约定的合作事项不违反法律法规，不损害国家利益、社会公共利益或他人合法权益，且双方均自愿签署，这样的协议在法律上是被认可的。

2. 合作协议旨在规避劳动法规：

   • 如果合作协议名义上是合作，但实际上是为了规避劳动法律法规对劳动者权益的保护，比如逃避缴纳社保、加班费等义务，那么这样的合作协议可能会被判定为无效。
   • 在这种情况下，法院会审查协议的实质内容以及双方真实的关系本质，如果发现协议是伪装成合作关系来隐瞒实际的劳动关系，那么协议很可能会被认定为无效。

3. 司法实践中的判断标准：

   • 在司法实践中，判断合作协议是否有效的关键在于协议的实质内容以及双方真实的关系本质。
   • 法院会综合考虑协议的内容、双方的主体资格、意思表示真实性以及形式等因素来做出判断。

4. 员工权益的保障：

   • 如果合作协议被判定为无效，员工仍然有权要求公司按照劳动法律法规的规定支付工资、福利待遇等。
   • 员工可以通过劳动监察部门、劳动仲裁或诉讼等途径来维护自己的合法权益。

5. 建议与后续行动：

   • 对于员工而言，在签署合作协议前应仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保障。
   • 如果对协议内容有疑问或不确定的地方，建议咨询专业律师以获取法律意见。
   • 如果合作协议在履行过程中出现争议，员工应积极与公司沟通协商，或通过法律途径来维护自己的权益。

综上所述，合作协议是否有效需根据具体情况来判断。如果您对合作协议的内容或效力有疑问，或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。