关于商家退款扣除手续费是否合法的问题，这确实是一个需要综合考虑多方面因素的情况。下面，我将为您详细解析这一问题：
合法的情况
合同有明确约定：
- 如果在交易前，商家与消费者通过合同、协议、条款等书面形式，或在交易界面的显著位置明确告知了退款会收取一定的手续费，并且消费者在知晓并同意后进行了交易，那么这种情况下商家收取手续费是合法的。例如，购买机票时，航空公司在购票页面清晰展示了退票的手续费标准，消费者购票即视为接受该约定，之后退票时航空公司按约定收取手续费是合理且合法的。
符合行业惯例且已告知：
- 在某些行业，长期形成了退款收取手续费的惯例。只要商家在交易时已经向消费者尽到了合理的告知义务，这种收费也可能被认定为合法。比如，美容美发店办卡消费时，如果商家事先告知了退卡会收取一定比例的手续费以弥补成本，消费者办卡后要求退卡，商家按惯例收取合理手续费在一定程度上可能被法律认可。
因消费者自身重大过错导致退款：
- 如果退款是因消费者自身的重大过错（如故意违约、违反合同主要义务等）导致的，商家为弥补损失而收取合理范围内的手续费也是合法的。例如，消费者预订酒店后在临近入住时无故取消订单，酒店按规定收取一定手续费用于弥补空房损失，这种情况下的收费是合法的。
不合法的情况
未提前告知消费者：
- 如果商家没有以任何合理、显著的方式告知消费者退款会收取手续费，而是在消费者提出退款时突然扣费，这种行为侵犯了消费者的知情权，是不合法的。消费者有权拒绝支付，并可向相关部门投诉举报。
手续费过高显失公平：
- 即使商家有告知，但如果收取的手续费过高，明显超出了商家为完成交易所实际付出的成本以及合理的预期损失范围，这种收费可能被视为显失公平，从而不具有合法性。例如，消费者购买一件价值100元的商品，退款时商家却要收取80元手续费，这种过高的收费很难得到法律的支持。
违背相关法律法规规定：
- 如果相关法律法规明确禁止或限制退款收取手续费的情形，商家依然收取手续费就是违法的。例如，在某些地区对于教育培训预付费退款有明确规定，在一定条件下不得收取手续费或只能收取少量合理费用，培训机构若违反这些规定收取高额手续费，则是违法的。
消费者建议
- 仔细阅读合同条款：在交易前，务必仔细阅读合同条款，了解退款政策及相关手续费规定。
- 保留交易证据：交易过程中，保留好相关证据，如交易记录、聊天记录等，以便在需要时维护自己的权益。
- 及时沟通协商：如果遇到退款手续费问题，首先与商家进行沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求法律援助：如果协商无果，且认为商家的行为侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律援助或向相关部门投诉举报。
综上所述，商家退款扣除手续费是否合法需综合考虑多个因素，包括是否有事先约定、手续费的合理性以及是否符合法律法规。希望以上解答能对您有所帮助。