针对您提出的“公安机关已经立治安案件6个月内未发现违法行为人，案件该如何处理”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，根据《治安管理处罚法》的相关规定，违反治安管理行为在六个月内没有被公安机关发现的，通常将不再进行处罚。这里的“发现”指的是公安机关通过一定途径知晓该违反治安管理行为的存在，并进行了相应的调查等行为。
若六个月内未发现违法行为人：
- 在这种情况下，如果公安机关在立案后的六个月内未能发现违法行为人，且没有新的线索或证据出现，那么根据法律规定，该案件通常将不再进行处罚。但这并不意味着案件就此完全终结，因为如果后续有新的线索或证据出现，公安机关仍有权重新启动调查程序。
若六个月内已发现但未妥善处理：
- 如果公安机关在立案后的六个月内已经发现了违法行为人，但案件尚未得到妥善处理（例如，因证据不足、程序问题等原因），那么公安机关将继续对该案件进行处理，直至案件得到妥善解决。
涉及特殊情况的处理：
- 需要注意的是，如果治安案件涉及到伤害程度鉴定等特殊情况，那么这段时间并不计算在内作为办案期限。也就是说，在特殊情况下，办案期限可能会相应延长。
后续发现新线索或证据的处理：
- 即使在六个月后，如果公安机关发现了新的与该治安案件有关联的线索或证据，他们仍有权重新启动调查程序，并根据新的证据对案件进行重新评估和处理。
受害者后续伤害的处理：
- 如果受害者在六个月后才发现自身存在因该治安案件导致的后续伤害，他们可以向公安机关报案，并提供相关证据。公安机关将根据受害者提供的证据和情况，对案件进行重新评估和处理。
综上所述，对于已经立案但六个月内未发现违法行为人的治安案件，公安机关通常将不再进行处罚，但保留根据后续新线索或证据重新启动调查程序的权利。同时，受害者也有权在后续发现伤害时向公安机关报案并寻求帮助。希望这个解答能够对您有所帮助。