关于招标代理费是否可以由中标方支付的问题，这确实是一个在实务中经常被讨论的话题。下面，我将从法律关系、实务操作以及可能存在的弊端等方面，为您进行详细、有深度的解答。

首先，从法律关系的角度来看，招标代理费由谁支付并没有一个绝对的、固定的规定。根据相关法规，招标代理服务费用原则上应由招标人支付。然而，如果招标人、招标代理机构与投标人在合同中另有约定，比如约定由中标人支付招标代理费，那么这种约定也是受法律保护的。这实际上是基于《民法典》中关于“由第三人履行的合同”的规定，即当事人可以约定由第三人向债权人履行债务。

在实务操作中，招标代理费由中标人支付的情况并不少见。这通常是通过两步来实现的：第一步是招标人与招标代理机构签订委托合同，约定招标代理费由中标人支付，并确定收费标准；第二步是招标文件明确规定招标代理费由中标人支付，并作为实质性条款要求投标人在投标报价时充分考虑。

然而，招标代理费由中标人支付也存在一些弊端。从政府的角度来看，这种支付方式可能未实现预期的市场调节价机制。因为招标人不承担费用，其立场可能更倾向于招标代理机构，对招标代理费的多少不太关心，甚至希望招标代理机构能够多收取费用。而中标人作为招标代理费的承担者，显然不能参与前期招标人和招标代理机构就有关费用的商讨，因此不可能形成有效的市场价调解机制。

此外，招标代理费由中标人支付还可能对招标人存在廉政风险。由于招标代理业务无资质要求，招标代理机构从业人员的水平参差不齐，且多数处于复制粘贴的阶段。但招标代理费相对较高，招标代理机构的劳动付出与其所得不成比例。这可能导致招标代理机构为了承揽业务，采用非正当的手段甚至以向招标人关键人分配利润的方式承揽业务，存在很大的廉政风险。

同时，招标人和招标代理机构将自身意志强加于潜在投标人也是一大问题。特别是在国有投资项目中，招标人编制的招标控制价中不包含招标代理费，却要求投标人的投标报价中考虑招标代理费，这显然是不对应的。投标人为了谋取中标，只能认可看似公平的招标文件的规定，参加投标并承担招标代理费。这增加了中标人的负担，特别是当同一项目划分多个标段时，按照各个标段的中标价计算招标代理费，更是加重了中标人的负担。

针对以上问题，我建议相关部门应出台制度，规定特别是国有投资项目实行谁委托谁付费制度，即招标人委托招标代理机构也应承担招标代理费，以减轻中标人的负担，进一步优化营商环境。同时，应明确约定招标代理费计算方法，区分代理项目的规模、预算情况，既要维持小项目时代理机构的成本又要控制大项目时代理机构的超额利润。此外，招标人应对招标代理公司进行比较选择，依据招标代理公司的服务质量、收费标准、招标节资率、信用评价等条件综合考虑，择优选用，以促使招标代理机构公平竞争，提高综合服务水平。

综上所述，招标代理费由谁支付并没有一个绝对的答案，而是需要根据具体情况和合同约定来确定。但无论如何，我们都应关注到这种支付方式可能带来的弊端，并采取相应的措施来加以防范和解决。