针对您提出的问题“三方协议其中有一方是政府机关他不盖章不签字双方的协议还有效吗”，以下是我的详细解答：
结论：
一般情况下，三方协议中若有一方（即使是政府机关）未盖章签字，则该协议对于未签字盖章的一方不产生法律效力。但存在特殊情况，即若未签字盖章的一方已实际履行协议主要义务且其他两方接受，则协议可能成立并生效。
详细分析：
从合同成立的角度来看：
- 根据相关法律规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自双方当事人签字或者盖章时合同成立。三方协议作为合同的一种，原则上需要三方都签字盖章才成立。
- 在您描述的情况下，政府机关作为一方未盖章签字，因此从合同成立的角度来看，该协议对于政府机关而言并未成立。
未签字盖章一方的法律地位：
- 未签字盖章的一方未完成合同订立的必要手续，即未作出订立合同的意思表示并通过签字盖章这一行为确认。
- 因此，该协议对于未签字盖章的一方（政府机关）不产生法律效力。
实际履行中的特殊情况：
- 若政府机关虽未签字盖章，但已经按照协议约定实际履行了主要义务，且其他两方接受的，此时协议可能成立并生效。
- 但这种情况较为特殊，需要有充分的证据证明实际履行及对方接受的事实。
法律建议：
- 若您希望协议对所有三方都产生法律效力，建议与政府机关沟通，促使其尽快盖章签字。
- 若政府机关因特殊原因无法盖章签字，但已实际履行协议主要义务且其他两方接受，建议保留相关证据以备不时之需。
- 若协议对政府机关而言不产生法律效力，但您与其他两方希望继续履行协议，建议与其他两方协商，看是否可以修改协议或签订补充协议以明确各方权利义务。
可能的法律后果：
- 若协议对政府机关而言不产生法律效力，而政府机关又未实际履行协议义务，则您与其他两方可能无法依据该协议向政府机关主张权利。
- 若协议对政府机关而言不产生法律效力，但政府机关已实际履行协议主要义务且其他两方接受，则政府机关可能无法依据该协议向您或其他两方主张违约责任等权利（除非有充分证据证明实际履行及对方接受的事实）。
综上所述，三方协议中若有一方（即使是政府机关）未盖章签字，则该协议对于未签字盖章的一方不产生法律效力。但存在特殊情况，即若未签字盖章的一方已实际履行协议主要义务且其他两方接受，则协议可能成立并生效。建议您根据实际情况采取相应的法律措施。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。