针对您提出的“违法转包合同在仲裁程序中认定后怎么办”这一问题，以下是我的详细解答：

结论前置：

违法转包合同在仲裁程序中一旦被认定，将产生一系列法律后果。您需要根据仲裁结果，结合实际情况，采取相应的法律措施。

1. 仲裁结果确认与执行

• 仲裁结果确认：首先，您需要确认仲裁委员会对违法转包合同的认定结果。如果仲裁结果明确指出合同违法，那么这一认定将具有法律效力。
• 执行仲裁裁决：根据仲裁结果，如果对方需要承担责任（如支付违约金、赔偿损失等），您有权要求对方履行仲裁裁决。如果对方不履行，您可以向人民法院申请强制执行。

2. 合同效力与后续处理

• 合同无效：违法转包合同通常被视为无效合同。根据《民法典》等相关法律规定，无效的合同自始没有法律约束力。因此，您需要评估合同无效对双方权利义务的影响。
• 后续处理：合同无效后，双方应恢复原状或采取其他补救措施。例如，如果转包方已经完成了部分工程，但合同被认定无效，那么发包方可能需要支付转包方已经完成的工程部分的合理费用（但需扣除因违法转包而产生的额外费用或损失）。同时，双方应协商解决因合同无效而产生的其他问题。

3. 法律责任与风险防范

• 法律责任：违法转包合同可能涉及行政责任和民事责任。行政责任方面，相关部门可能对违法转包方进行处罚；民事责任方面，违法转包方可能需要承担因合同无效而给对方造成的损失。
• 风险防范：为了避免类似问题的再次发生，您应加强合同管理，确保合同内容合法合规。在签订合同前，应对对方的资质、信誉等进行充分调查；在合同履行过程中，应密切关注对方的履行情况，及时发现并解决问题。

4. 进一步法律行动

• 如果仲裁结果不满意：如果您对仲裁结果不满意，认为仲裁委员会在认定事实或适用法律方面存在错误，您可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，请求法院对仲裁结果进行审查或重新判决。但请注意，提起诉讼需要满足一定的条件，并且诉讼过程可能较为复杂和耗时。
• 寻求专业法律帮助：在处理违法转包合同相关问题时，建议您寻求专业律师的帮助。律师可以根据您的具体情况，提供针对性的法律建议和解决方案，帮助您更好地维护自己的合法权益。

综上所述，违法转包合同在仲裁程序中认定后，您需要根据仲裁结果和实际情况，采取相应的法律措施。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。