在农业行政处罚程序规定的案件立案过程中，如果存在时间上的错误，确实是可以撤销立案并重新进行的。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

1. 符合法定情形可撤销：

   • 根据行政处罚的相关规定，如果行政机关在立案后发现案件不存在违法行为，或者案件不属于本机关的管辖范围，且实际的管辖机关明确，那么立案的机关应当撤销立案。在农业行政处罚案件中，如果立案时存在时间上的错误，导致案件不符合立案条件或者管辖权有误，行政机关有权撤销立案。

2. 行政机关主动纠错：

   • 行政机关具有自我纠错的机制。在立案后的调查过程中，如果行政机关发现立案存在错误，如时间上的错误导致案件性质认定不当或程序违法，基于依法行政的要求，行政机关有责任主动撤销立案，以避免错误的行政处罚程序继续进行，从而保障行政相对人的合法权益。

3. 重新立案的程序：

   • 一旦撤销立案，如果案件仍然符合立案条件，行政机关可以重新进行立案程序。在重新立案时，行政机关应当确保立案的时间、事实、证据等要素准确无误，以符合行政处罚程序的规定。

4. 法律后果与建议：

   • 如果因为时间上的错误导致立案被撤销，行政机关应当及时通知行政相对人，并说明撤销立案的原因。同时，行政机关应当对立案过程中的错误进行反思和纠正，以避免类似错误再次发生。对于行政相对人而言，如果认为立案过程中的错误侵犯了自己的合法权益，可以依法向行政机关提出申诉或者向人民法院提起诉讼。

综上所述，农业行政处罚程序规定的案件立案过程中，如果存在时间上的错误，行政机关有权撤销立案并重新进行。在处理此类问题时，行政机关应当严格遵守行政处罚程序的规定，确保立案的准确性和合法性。如果您在农业行政处罚方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。