在农业行政处罚中，不予立案的法律依据主要来源于《中华人民共和国行政处罚法》及相关法律法规的规定，具体情形如下：

1. 没有违法事实

   • 理由：经初步调查核实，不存在违反农业行政管理秩序的客观行为或情形。这是不予立案的最直接和基础的理由。
   • 依据：《行政处罚法》明确规定，没有违法事实的，不得给予行政处罚，因此不应立案。在农业领域，这意味着如果没有发现任何违反农业法律、法规和规章的行为，或者虽有行为但不符合违法构成要件，则不予立案。

2. 违法行为已过追究时效

   • 理由：违法行为在一定期限内未被发现，超过了法律规定的追究时效。对于农业违法行为，一般适用二年的基本追究时效，但涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，期限延长至五年。
   • 依据：《行政处罚法》第三十六条规定了二年的基本追究时效及特殊情况下的五年时效。若违法行为在此时效内未被发现，则不再给予行政处罚，因此也不予立案。

3. 违法主体不适格

   • 理由：实施违法行为的主体不符合法律规定的责任主体条件。在农业行政处罚中，这意味着如果违法行为的主体不是法律规定的责任主体，如非农业生产经营者或非农业相关单位，则不予立案。
   • 依据：相关法律法规对责任主体有明确界定，如《中华人民共和国种子法》、《中华人民共和国动物防疫法》等，均规定了具体的责任主体条件。

4. 不属于本机关管辖

   • 理由：该违法行为不属于本农业行政处罚机关的职权范围或地域管辖范围。农业行政处罚机关一般按照违法行为发生地或级别管辖原则进行管辖，若违法行为不属于其管辖范围，则不予立案。
   • 依据：《行政处罚法》规定了行政处罚由违法行为发生地的行政机关管辖，并明确了法律、行政法规、部门规章另有规定的从其规定。在农业领域，这意味着如果违法行为不属于本机关管辖，则应移送有管辖权的机关处理。

5. 违法行为显著轻微并及时改正，没有造成危害后果

   • 理由：违法行为的性质、情节极其轻微，并且违法者在发现问题后及时主动进行了改正，未造成损害或不良影响。对于此类行为，行政机关通常采取教育、警告等措施，而不予立案处罚。
   • 依据：《行政处罚法》第三十三条第一款规定，对于此类行为，不予行政处罚，因此也不予立案。这体现了行政处罚的合理性原则，避免了对轻微违法行为的过度处罚。

6. 证据不足

   • 理由：在初步调查阶段，缺乏足够的证据来证明违法行为的存在或无法达到法定的证明标准。证据是行政处罚的基础，如果证据不足，则无法证明违法行为的存在，因此不予立案。
   • 依据：《行政处罚法》要求行政机关在作出行政处罚决定前必须收集充分的证据。在农业行政处罚中，这意味着如果初步调查阶段证据不足，则无法继续立案处理。

特殊情况说明：

• 对于不满十四周岁的人有违法行为的，因其未达到法定责任年龄，不予行政处罚，因此也不予立案。
• 对于精神病人在不能辨认或者不能控制自己行为时有违法行为的，因其不具备责任能力，不予行政处罚，因此也不予立案。但间歇性精神病人在精神正常时有违法行为的，应当给予行政处罚，此时应立案处理。

总结与建议： 在农业行政处罚中，不予立案的情形多种多样，但均基于法律法规的直接规定和行政处罚的公正、合理原则。如果您在农业行政处罚方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律意见和帮助。