挂靠协议中约定由挂靠人自负盈亏的条款通常被认定为无效。
一. 挂靠协议及条款的法律性质
挂靠行为的法律定义：挂靠，通常指单位或个人在未取得相应资质的情况下，借用其他具有资质的单位名义进行经营活动。在建筑领域，这种行为尤为常见，表现为没有资质或资质等级不够的施工单位，借用其他有资质企业的名义承揽工程。
挂靠协议的无效性：根据《中华人民共和国建筑法》第二十六条明确规定，禁止建筑施工企业超越本企业资质等级许可的业务范围或者以任何形式用其他建筑施工企业的名义承揽工程。禁止建筑施工企业以任何形式允许其他单位或者个人使用本企业的资质证书、营业执照，以本企业的名义承揽工程。由于挂靠行为违反了相关法律法规，因此，通过挂靠方式签订的施工合同将被视为无效。
自负盈亏条款的无效性：尽管挂靠协议中可能约定由挂靠人自负盈亏，但这一条款通常也被视为无效。因为整个挂靠协议的基础是违法的，其中的具体条款，包括自负盈亏的约定，也因此失去了法律效力。
二. 司法实践中的认定
案例支持：在司法实践中，法院普遍认同即使承包合同无效，但被挂靠人仍可适用挂靠人自负盈亏的约定对挂靠人进行追偿。然而，这并不意味着自负盈亏的条款本身是有效的，而是在合同无效的情况下，法院可能根据公平原则或双方的实际行为来判定挂靠人应承担的责任。
风险转移的限制：被挂靠人不能仅凭自负盈亏的约定就完全转移工程亏损的风险。在实际操作中，被挂靠人仍然需要对外承担工程款、材料款等费用，并在承担责任后通过法律途径向挂靠人追偿。
三. 我的建议
避免挂靠行为：鉴于挂靠行为及其相关条款的无效性，我建议相关企业严格遵守法律法规，避免参与挂靠行为。
完善合同条款：对于必须合作的情况，双方应尽可能完善合同条款，明确双方的权利和义务，以降低法律风险。
咨询专业律师：在签订任何合同前，建议咨询专业律师以获取准确的法律意见和风险防范建议。
如有进一步需要，您可以继续咨询我。