针对您提出的“药店处方判违规，过了申诉时间怎么办理”的问题，核心前提是药店处方已被判定为违规，且已错过申诉时间。以下是我的分析和建议：

1. 确认错过申诉时间的具体情况：

   • 首先，您需要明确错过申诉时间的具体原因和经过，包括是否收到过正式的违规通知、通知中是否明确提到了申诉期限以及您是否确实在该期限内未提出申诉。
   • 了解错过申诉时间是否因不可抗力因素（如自然灾害、重大疾病等）导致，这可能影响后续的处理方式。

2. 尝试与相关部门沟通：

   • 尽管已错过申诉时间，但您可以尝试与作出违规判定的相关部门（如当地药品监管部门）进行沟通，说明情况并表达您的诉求。
   • 在沟通时，保持礼貌和诚恳，提供相关证据和资料以支持您的观点，看是否有可能获得重新审查或特殊处理的机会。

3. 了解后续处理流程和可能的后果：

   • 咨询相关部门或专业人士，了解错过申诉时间后药店可能面临的后续处理流程和可能的后果，如罚款、停业整顿等。
   • 根据了解到的信息，评估药店的承受能力和可能的风险，制定相应的应对策略。

4. 加强内部管理和合规意识：

   • 无论最终处理结果如何，药店都应加强内部管理和合规意识，确保今后处方开具和药品销售等环节符合相关法律法规和规定。
   • 定期对员工进行培训和考核，提高员工的法律意识和合规操作水平。

5. 如有需要，可寻求法律帮助：

   • 如果您认为药店的违规判定存在不公或错误，且通过沟通无法解决问题，您可以考虑寻求法律帮助。
   • 您可以向我咨询相关法律问题，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。

综上所述，尽管已错过申诉时间，但您仍可通过与相关部门沟通、了解后续处理流程和可能的后果、加强内部管理和合规意识以及如有需要寻求法律帮助等方式来应对药店处方判违规的问题。如有任何法律疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。