合同主体变更，甲方被收购后的处理方式如下：

1. 评估收购对合同的影响：

   • 首先，需要详细审查收购协议以及原合同的内容，了解收购的具体情况，包括收购方是否承接原甲方的权利义务，以及收购对原合同履行可能产生的影响。

2. 协商变更合同主体：

   • 在收购完成后，应及时与合同相对方（即原合同中的乙方）进行协商，讨论合同主体的变更事宜。
   • 根据协商结果，可以签订补充协议，明确将原合同中的甲方变更为收购方，或者由收购方与乙方重新签订合同，并终止原合同。

3. 履行通知与公告义务：

   • 根据相关法律法规和合同约定，可能需要向合同相对方或其他相关方履行通知义务，告知合同主体变更的情况。
   • 如果涉及公众利益或需要公开披露的信息，还应按照相关规定进行公告。

4. 处理合同权利义务的承接：

   • 确保收购方完全承接原甲方在合同中的权利义务，包括但不限于支付款项、提供服务、承担违约责任等。
   • 如果收购方对原合同中的某些条款有异议，应在协商过程中提出，并争取达成双方都能接受的解决方案。

5. 注意法律风险与合规性：

   • 在处理合同主体变更的过程中，应严格遵守相关法律法规，确保变更行为的合法性和合规性。
   • 如果涉及跨境收购或特殊行业，还应特别注意相关国际条约、行业规定或监管要求。

在处理过程中，如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。作为律师，我擅长处理合同变更、收购兼并等领域的法律问题，可以为您提供专业的法律意见和解决方案。