法院扣押合法经营的烟草拍卖抵债在符合法定程序和条件的情况下并不违法。以下是对此问题的详细分析：

1. 法院执行权的合法性：

   • 法院作为国家的司法机关，拥有对生效法律文书进行执行的权力。当债务人未履行生效法律文书确定的义务时，法院有权采取强制执行措施，包括扣押、拍卖债务人的财产以清偿债务。

2. 烟草作为执行财产的特殊性：

   • 烟草属于国家专营专卖的商品，其经营受到严格的法律法规监管。然而，这并不意味着烟草不能作为执行财产。在符合法律法规的前提下，法院可以对合法经营的烟草进行扣押和拍卖。

3. 执行程序的合法性要求：

   • 法院在扣押和拍卖烟草时，必须严格遵守法定程序。这包括但不限于：确保扣押和拍卖行为有充分的法律依据、通知相关当事人、进行公开拍卖等。如果法院在执行过程中违反了法定程序，那么该执行行为可能被视为违法。

4. 可能存在的违法情形：

   • 如果法院在扣押和拍卖烟草时，没有遵循法定程序，或者扣押、拍卖的烟草并非债务人的合法财产，或者拍卖价格明显低于市场价值且未经过合理评估等，那么这些行为可能构成违法。此外，如果烟草的扣押和拍卖影响了国家的烟草专卖制度或公共利益，也可能被视为违法。

5. 债务人的权益保护：

   • 在执行过程中，债务人享有合法的权益保护。如果债务人认为法院的扣押和拍卖行为违法或侵犯了其合法权益，可以向法院提出异议或申请复议。法院在收到异议或复议申请后，应当依法进行审查并作出处理。

综上所述，法院扣押合法经营的烟草拍卖抵债在符合法定程序和条件的情况下并不违法。然而，如果执行过程中存在违反法定程序或侵犯债务人合法权益的情形，那么该执行行为可能被视为违法。因此，在涉及此类问题时，建议债务人及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。