关于工程合同约定不符合国家标准是否有效的问题，这确实是一个涉及法律条款和合同效力的复杂议题。以下是对这一问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工程合同作为双方当事人自愿达成的协议，其效力原则上应受到尊重。然而，当合同内容违反国家法律法规的强制性规定时，其效力就会受到质疑。

1. 违反强制性标准的合同内容无效： 如果工程合同中的某些条款违反了国家标准的强制性规定，特别是那些涉及工程质量、安全、环保等关键领域的标准，那么这些条款将被视为无效。因为这些强制性标准是国家为了保障公共利益、维护市场秩序而制定的，任何违反这些标准的行为都可能对公共安全或市场秩序造成损害。

2. 合同部分条款不合理时的效力判定： 当工程合同只是部分条款不合理，且这些条款不影响合同其他主要条款的效力以及合同目的实现时，一般来说合同仍然有效。例如，价款约定方面略高于市场行情，但双方真实意思就是按约定履行，那么这份合同依旧具有效力。然而，如果这些不合理条款导致合同显失公平、违反法律法规强制性规定或者存在欺诈胁迫等情况，受损方就有权向法院或仲裁机构请求撤销合同。

3. 工程质量标准低于国家标准的情形： 以工程质量标准为例，如果合同里规定的工程质量标准严重低于国家标准，这一不合理条款就可能因违反强制性规定而无效。因为工程质量直接关系到公共安全和使用者的利益，国家对此有严格的强制性标准。当合同中的工程质量标准低于这些标准时，不仅可能损害公共安全，还可能对整个合同的效力产生影响。受损方（如建设单位或最终用户）有权请求法院或仲裁机构撤销该合同或相关条款。

4. 综合考量不合理条款情况及对合同整体影响： 在判断工程合同是否有效时，不能只看表面或部分条款，而需要综合考量不合理条款的具体情况以及它对合同整体的影响。只有全面分析，才能得出准确的结论。如果合同中的不合理条款只是局部的、不影响合同主要目的实现的，那么合同可能仍然有效；但如果这些条款导致合同显失公平、违反法律法规强制性规定或存在其他严重问题，那么受损方就有权请求撤销合同。

综上所述，工程合同约定不符合国家标准时，其效力将受到质疑。特别是当这些约定违反国家强制性标准时，相关条款将被视为无效。在判断合同是否有效时，需要综合考量不合理条款的具体情况以及它对合同整体的影响。