在遭遇非机动车碰瓷并造成机动车损坏的情况下，关于保险公司是否会代为追偿，这需要根据具体情况和保险合同的约定来综合判断。
首先，我们需要明确的是，代位追偿主要适用于财产保险领域，是保险人向被保险人赔偿后，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。在交通事故中，代位追偿多发生于机动车之间，因为机动车一般有交强险和商业险，而大部分非机动车并未强制购买保险，这就不满足代位追偿中第三者有保险赔偿能力的潜在条件。
针对非机动车碰瓷造成机动车损坏的情况：
交强险部分：
- 交强险主要保障的是因交通事故造成的人身伤亡和财产损失。对于非机动车碰瓷导致的真实交通事故，交强险在责任限额内会承担垫付抢救费用的责任，但这并不等同于直接对机动车的损坏进行赔偿。而且，交强险的垫付责任通常是在紧急情况下为了救治伤者而设立的，后续保险公司有权向致害人（即碰瓷者）追偿。
商业险部分：
- 商业险的保险条款通常明确约定，对于被保险人或其允许的驾驶人故意制造保险事故，或受害人故意造成交通事故的情形，保险公司不承担赔偿责任。因此，在非机动车碰瓷的情况下，如果保险公司能够确认这是故意行为，那么在商业险部分，保险公司通常不会进行赔偿，也就更谈不上代位追偿了。
代位追偿的可行性：
- 由于大部分非机动车并未强制购买保险，所以在非机动车碰瓷导致机动车损坏的情况下，保险公司进行代位追偿的难度较大。因为代位追偿的前提是第三者有保险赔偿能力，而大部分非机动车并不满足这一条件。
然而，如果非机动车碰瓷行为确实导致了真实的交通事故，并且机动车因此遭受了损失，车主可以采取以下措施来维护自己的权益：
- 保持冷静并立即报警：等待警察到场处理，并使用设备录像保留证据。
- 调取证据：如车辆安装行车记录仪，应尽快调取相关视频作为证据。
- 配合调查：配合警方进行现场勘察和调查取证，以明确事故责任和碰瓷行为。
- 与保险公司沟通：虽然代位追偿的难度较大，但车主可以与保险公司沟通，了解是否有其他途径可以获得赔偿或协助。
综上所述，在非机动车碰瓷造成机动车损坏的情况下，保险公司通常不会直接进行代位追偿。但车主可以通过报警、调取证据、配合调查等方式来维护自己的权益，并尝试与保险公司沟通以了解是否有其他赔偿途径。