民间借贷中超出法律规定的利息部分，借款人无需支付，且可以要求抵扣本金或返还已支付的超额利息。针对您提出的“民间借5万有6年了，已还了4万利息，要怎么协商利息抵扣一些本金”的问题，可以从以下几个方面进行分析和协商：
一. 了解法律规定
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十五条，出借人请求借款人按照合同约定利率支付利息的，人民法院应予支持，但双方约定的利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率的四倍。
- 超出此上限的利息部分，法律不予保护，借款人无需支付。若已支付，借款人可以要求抵扣本金或返还。
二. 计算合法利息范围
- 需要确定合同成立时的一年期贷款市场报价利率（LPR），并计算其四倍作为合法利息的上限。
- 假设合同成立时一年期LPR为3.5%（此数值为示例，实际应以合同成立时的LPR为准），则合法利息上限为3.5%×4=14%。
- 对于5万元的借款，若借款期限为6年，则合法利息总额应不超过50000元×14%×6=42000元。
三. 协商利息抵扣本金
- 收集证据：整理好借款合同、还款记录等证据，以证明已支付的利息金额。
- 提出协商：与出借人进行沟通，说明已支付的利息超过了法律规定的上限，并提出希望将超出部分的利息抵扣本金的请求。
- 书面确认：若出借人同意，双方应签订书面协议，明确抵扣金额和抵扣后的剩余本金金额。
四. 法律途径
- 若协商无果，借款人可以通过法律途径维护自己的权益，向人民法院提起诉讼，请求确认超过部分的利息无效，并要求抵扣本金或返还已支付的超额利息。
五. 我的建议
- 保持沟通：在协商过程中，保持冷静和理性，与出借人进行充分沟通，寻求双方都能接受的解决方案。
- 寻求专业帮助：如果协商过程中遇到困难或不确定的地方，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。
综上所述，您可以根据法律规定和实际情况，与出借人进行协商，尝试将超出法律规定的利息部分抵扣本金。如协商无果，可考虑通过法律途径解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。